První YMCA ve Fort Wayne byla založena v roce 1858. Schůzky se konaly v Dietrick’s Mercantile Institute, který se nacházel na rohu ulic Main a Calhoun. Prvním prezidentem YMCA ve Fort Wayne byl Isaac Jenkinson, který funkci vykonával v letech 1858-1860. Programy se skládaly výhradně z týdenních setkání náboženského, literárního a společenského charakteru.
Železniční asociace YMCA otevřela své brány 1. července 1884. Nacházela se na rohu ulic Calhoun a Holman Street. Railroad YMCA poskytovala železničářům nocleh, teplé lázně a sobotní bohoslužby. Příspěvek do Railroad YMCA činil 25 centů měsíčně a opravňoval člena ke všem výsadám sdružení s 1 přítelem. Součástí budovy byla velká čítárna, zábavní místnost vybavená šachy a dámou a 2 velké salonky, které se využívaly k recepcím a přednáškám. K dispozici byla také chirurgická místnost pro první pomoc a kompletní lázeňské zařízení.
13. září 1889 byly přijaty nové stanovy a nová ústava. Název byl změněn na „Fort Wayne Young Men’s Christian Association“. Tento Y měl nedělní bohoslužby s písněmi, kompletní lázeňské zařízení, knihovnu a čítárnu, tělocvičnu a kuželnu. Tato budova byla uzavřena v roce 1897.
V letech 1896-1916 neexistovala ve Fort Wayne žádná stálá YMCA. Když počet obyvatel města dosáhl 75 000, různí podnikatelé a občanští představitelé se domnívali, že by Fort Wayne mělo mít stálou YMCA. V roce 1913 se ve Fort Wayne konal 44. výroční státní sjezd všech sdružení. V důsledku tohoto sjezdu se inspirovaná skupina významných podnikatelů vyjádřila k programu výstavby v hodnotě 300 000 dolarů a iniciovala snahu o získání finančních prostředků. Jednalo se o první všeobecnou kampaň na získání finančních prostředků, která kdy byla ve Fort Wayne iniciována.
Základní kámen k budově Central YMCA byl položen 12. května 1918 při slavnostním ceremoniálu na rohu ulic Barr Street a Washington Street. Dne 17. prosince 1919 se konala posvěcovací bohoslužba a železniční YMCA se přestěhovala do budovy Central Branch YMCA. Prezidentem byl zvolen S. B. Bechtol, který funkci vykonával do roku 1922. Central Branch YMCA byla první budovou věnovanou výhradně práci YMCA.
V roce 1920 byl založen chlapecký tábor Fort Wayne YMCA. Louis Schwan, tajemník YMCA, vzal skupinu chlapců k jezeru Wawasee na táborový program. Skupina se k jezeru Wawasee vrátila v letech 1921 a 1922. V roce 1923 byl tábor přesunut k jezeru Hemlock Lake poblíž Reddingu v Michiganu.
25. listopadu 1924 zakoupila YMCA ve Fort Wayne 14 akrů u jezera Blackman Lake, aby zde zřídila chlapecký tábor s názvem Camp Potawotami. První letní tábor se konal v roce 1925. Bylo zde 8 chatek, každá s kapacitou 8 lůžek. V roce 1931 byla postavena chata Arrowhead Lodge, v níž se dodnes nachází táborová kuchyně a jídelna.
V roce 1929 sdružení oslavilo 10. výročí slavnostního otevření pobočky Central Branch YMCA, k níž byla přistavěna East Side YMCA na rohu ulic Eliza a McCullock.
Kiwanis Westside YMCA byla založena 6. července 1934 a vysvěcena 26. listopadu 1934; tato Y byla otevřena díky spolupráci Kiwanis klubu a Central YMCA. Nacházela se na Culbertson Street. Zpočátku sloužila především chlapcům z okolí, ale v roce 1942 byly její programy rozšířeny tak, aby sloužily i rodinám, ženám a dívkám.
V roce 1956 byla založena Old Fort YMCA se sídlem na Bowser Avenue. V roce 1957 se kanceláře Old Fort YMCA přestěhovaly na East Creighton Avenue. Old Fort YMCA byla rozpuštěna do Central Branch a působila zde až do roku 1974, kdy byla vysvěcena nová pobočka na Reed Street.
V roce 1965 byla otevřena Southeast Family YMCA. Původně to měla být pobočka YMCA/YWCA. Pan & Lisle Hodell daroval 17 akrů pozemků, které byly později pojmenovány Hodell Acres.
V roce 1993 byla Whitley County Family YMCA chartizována jako pobočka YMCA of Greater Fort Wayne. V roce 2005 byla Whitley YMCA zrekonstruována a vzniklo zde nové fitness centrum, taneční a aerobikové studio a rekreační centrum pro mládež.
V roce 1994 byl Úřadem pro práci s mládeží vytvořen program SOCAP (Status Offender Court Alternatives Program). Péče o děti školního věku zahájila v roce 1996 svůj první plnohodnotný rok, kdy v programech před a po škole denně sloužila více než 700 dětem.
Jorgensenova rodinná YMCA byla otevřena v září 1998. Původně se nacházela na Homestead Road a poté se přestěhovala na současné místo na Aboite Center Road.
V roce 2001 se otevírá Parkview Family YMCA, která v roce 2004 prochází rekonstrukcí, aby mohla vyhovět všem svým členům.
V roce 2001 se otevírá Parkview Family YMCA, která v roce 2004 prochází rekonstrukcí, aby mohla vyhovět všem svým členům..