Det är problematiskt att detektera hiv-1-provirus som kan integreras i en värdcells cellkärna och förbli latent i flera år. Tröskelvärdet för in situ-hybridisering, som är cirka 10 kopior per cell, är för högt för att upptäcka en integrerad kopia av proviruset. Även om polymeraskedjereaktion (PCR) kan påvisa 1 provirus per 100 000 celler kan den inte fastställa virusets specifika cellulära lokalisering. Dessa problem kan lösas med PCR in situ-hybridisering. Genom att anpassa denna metod till RNA-detektion (reverse transcriptase in situ PCR) kan man avgöra om virusinfektionen är latent eller produktiv samt upptäcka värdresponsen i form av cytokinernas mRNA-uttryck. Dessa metoder har visat att 1) det sker en massiv infektion av CD4-celler med hiv-1 innan aids-definierande symtom uppstår, 2) utvecklingen av aids kännetecknas av en progressiv förstörelse av CD4-celler, vilket framgår av ett ökat förhållande mellan produktivt och latent infekterade celler, (3) det primära målet för viruset i livmoderhalsen, lungorna, det centrala nervsystemet och skelettmuskulaturen är makrofagen och dess derivat, och (4) aidsrelaterade sjukdomar såsom aidsdemens kännetecknas av både många virusinfekterade celler och uppreglering av ett stort antal cytokiner, främst i de angränsande icke-infekterade cellerna. I detta kapitel beskrivs metoderna för att påvisa DNA och RNA från hiv-1 i paraffinininbäddade vävnadssektioner samt de kolabelförsök som behövs för att definiera värdresponsen på den virala invasionen.