O primeiro YMCA em Fort Wayne foi organizado em 1858. As reuniões foram realizadas no Dietrick’s Mercantile Institute localizado na esquina das ruas Main e Calhoun. Isaac Jenkinson foi o primeiro presidente da YMCA em Fort Wayne, servindo desde 1858-1860. Os programas consistiram inteiramente de reuniões semanais de natureza religiosa, literária e social.
A Associação Ferroviária YMCA abriu suas portas em 1 de julho de 1884. Estava localizada na esquina das ruas Calhoun e Holman. A Associação Ferroviária YMCA proporcionou dormitórios, banhos quentes e serviços de sábado para os ferroviários. As quotas para a Ferrovia YMCA eram de 25 centavos por mês e ela dava direito a todos os privilégios da associação com 1 amigo. O edifício incluía uma grande sala de leitura, uma sala de diversões com xadrez e damas, e 2 grandes salões que eram utilizados para recepções e palestras. Havia também uma sala de cirurgia para primeiros socorros e instalações de banho completas.
Em 13 de setembro de 1889 novos Artigos de Incorporação e uma nova Constituição foi adotada. O nome foi mudado para “Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Este Y tinha serviços de canto aos domingos, instalações de banho completas, biblioteca e salas de leitura, um ginásio e uma pista de boliche. Este edifício fechou em 1897.
De 1896-1916 não havia YMCA permanente em Fort Wayne. Quando a população da cidade atingiu 75.000 pessoas, vários empresários e líderes cívicos sentiram que Fort Wayne deveria ter uma YMCA permanente. Em 1913 foi realizada a 44ª Convenção Anual do Estado de todas as associações em Fort Wayne. Como resultado desta convenção, um grupo inspirado de empresários proeminentes comentou sobre um programa de construção de 300.000 dólares e iniciou o esforço para levantar fundos. Esta foi a primeira campanha geral de arrecadação de fundos já iniciada em Fort Wayne.
A pedra angular da Central YMCA foi lançada em 12 de maio de 1918, em uma cerimônia na esquina da Barr Street com a Washington Street. O Serviço de Dedicação foi realizado no dia 17 de dezembro de 1919 e a YMCA Ferroviária mudou-se para a Filial Central da YMCA. S.B. Bechtol foi eleito presidente e serviu até 1922. A Ramo Central YMCA foi o primeiro edifício dedicado exclusivamente ao trabalho YMCA.
O Acampamento de Rapazes Fort Wayne YMCA foi fundado em 1920. Louis Schwan, Secretário da YMCA, levou um grupo de rapazes para o Lago Wawasee para um programa de acampamento. O grupo retornou ao Lago Wawasee em 1921 e 1922. Em 1923 o acampamento foi transferido para Hemlock Lake perto de Redding Michigan.
Em 25 de novembro de 1924 o Fort Wayne YMCA comprou 14 acres no Lago Blackman para estabelecer um acampamento para todos os meninos chamado Camp Potawotami. O primeiro verão de acampamento foi em 1925. Havia 8 cabanas, cada uma com uma capacidade de 8 beliches. O Arrowhead Lodge foi construído em 1931 e ainda abriga a cozinha e a área de refeições do acampamento.
Em 1929 a associação celebrou o seu 10º aniversário da grande abertura da Central Branch YMCA com a adição da East Side YMCA na esquina das ruas Eliza e McCullock.
A Kiwanis Westside YMCA foi fundada a 6 de Julho de 1934 e dedicada a 26 de Novembro de 1934; esta Y abriu através da cooperação do Kiwanis Club e da Central YMCA. Estava localizado na Rua Culbertson. Inicialmente serviu principalmente rapazes da área mas em 1942 seus programas foram expandidos para servir famílias, mulheres e meninas também.
O Old Fort YMCA foi estabelecido em 1956 com sua sede na Bowser Avenue. Em 1957, os escritórios do Old Fort YMCA mudaram-se para a East Creighton Avenue. O Old Fort YMCA foi dissolvido na Filial Central e lá funcionou até a dedicação em 1974 da nova localização na Reed Street.
Em 1965 a Família Southeast YMCA abriu. Originalmente era para ser uma filial da YMCA/YWCA. 17 acres de terra foram doados pelo Sr. & Sra. Lisle Hodell que mais tarde foi chamada de Hodell Acres.
A Família YMCA do Condado de Whitley foi fretada como uma filial da YMCA do Grande Forte Wayne em 1993. Em 2005 a YMCA de Whitley foi renovada para incluir uma nova instalação de fitness, estúdio de dança e aeróbica e centro de recreação juvenil.
Em 1994 o Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) foi desenvolvido pelo Youth Service Bureau. O School Age Child Care passou para seu primeiro ano completo de serviço a mais de 700 crianças por dia nos Programas Antes e Depois da Escola em 1996.
O Jorgensen Family YMCA foi inaugurado em setembro de 1998. A sua localização original era na Homestead Road e depois mudou-se para a localização actual na Aboite Center Road.
Em 2001 a Parkview Family YMCA abre e depois tem uma renovação em 2004 para acomodar todos os seus membros.