De eerste YMCA in Fort Wayne werd in 1858 georganiseerd. De bijeenkomsten werden gehouden in het Dietrick’s Mercantile Institute op de hoek van Main en Calhoun Streets. Isaac Jenkinson was de eerste voorzitter van de YMCA in Fort Wayne van 1858-1860. Het programma bestond geheel uit wekelijkse bijeenkomsten van religieuze, literaire en sociale aard.
De Railroad Association YMCA opende haar deuren op 1 juli 1884. Het was gevestigd op de hoek van Calhoun en Holman Streets. De Railroad YMCA bood slaapvertrekken, warme baden en sabbatdiensten aan de spoorwegarbeiders. De contributie voor de Railroad YMCA bedroeg 25 cent per maand en gaf recht op alle voorrechten van de vereniging met 1 vriend. Het gebouw omvatte een grote leeszaal, een amusementszaal met schaak- en damspelen, en 2 grote salons die werden gebruikt voor recepties en lezingen. Er was ook een operatiekamer voor eerste hulp en volledige badfaciliteiten.
Op 13 september 1889 werden nieuwe statuten en een nieuwe oprichtingsakte aangenomen. De naam werd veranderd in “Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Deze Y had zangdiensten op zondag, complete badfaciliteiten, bibliotheek en leeszalen, een gymnastiekzaal en een bowlingbaan. Dit gebouw sloot in 1897.
Van 1896-1916 was er geen permanente YMCA in Fort Wayne. Toen de stad 75.000 inwoners telde, vonden verschillende zakenlieden en burgerleiders dat Fort Wayne een permanente YMCA moest hebben. In 1913 werd in Fort Wayne de 44ste jaarlijkse staatsconventie van alle verenigingen gehouden. Als resultaat van deze conventie gaf een geïnspireerde groep prominente zakenlieden commentaar op een bouwprogramma van $300.000 en startte een campagne om fondsen te werven. Dit was de eerste algemene fondsenwervingscampagne ooit in Fort Wayne.
De hoeksteen van de Central YMCA werd op 12 mei 1918 gelegd tijdens een ceremonie op de hoek van Barr Street en Washington Street. De inwijdingsdienst werd gehouden op 17 december 1919 en de Railroad YMCA verhuisde naar de Central Branch YMCA. S.B. Bechtol werd tot president verkozen en bleef in functie tot 1922. De Central Branch YMCA was het eerste gebouw dat uitsluitend aan het YMCA-werk was gewijd.
In 1920 werd het Fort Wayne YMCA Boys Camp opgericht. Louis Schwan, secretaris van de YMCA, nam een groep jongens mee naar Lake Wawasee voor een kampeerprogramma. De groep keerde terug naar Lake Wawasee in 1921 en 1922. In 1923 werd het kamp verplaatst naar Hemlock Lake bij Redding Michigan.
Op 25 november 1924 kocht de YMCA van Fort Wayne 14 acres aan Blackman Lake om er een jongenskamp op te richten dat Camp Potawotami heette. De eerste zomer van het kamp was in 1925. Er waren 8 hutten, elk met een capaciteit van 8 bedden. Arrowhead Lodge werd gebouwd in 1931 en herbergt nog steeds de keuken en eetzaal van het kamp.
In 1929 vierde de vereniging haar 10-jarig bestaan van de grote opening van de Central Branch YMCA met de toevoeging van de East Side YMCA op de hoek van Eliza en McCullock Streets.
De Kiwanis Westside YMCA werd opgericht op 6 juli 1934 en ingewijd op 26 november 1934; deze Y opende door de samenwerking van de Kiwanis Club en de Central YMCA. Het was gevestigd aan de Culbertson Street. Aanvankelijk diende het vooral jongens uit de omgeving maar in 1942 werden de programma’s uitgebreid om ook gezinnen, vrouwen en meisjes te dienen.
De Old Fort YMCA werd in 1956 opgericht met het hoofdkantoor op Bowser Avenue. In 1957 verhuisden de Old Fort YMCA-kantoren naar East Creighton Avenue. De Old Fort YMCA werd opgegaan in de Central Branch en werkte daar tot de inwijding in 1974 van de nieuwe locatie op Reed Street.
In 1965 werd de Southeast Family YMCA geopend. Het was oorspronkelijk bedoeld als een YMCA/YWCA filiaal. 17 acres land werden geschonken door Mr. & Mrs. Lisle Hodell dat later Hodell Acres werd genoemd.
De Whitley County Family YMCA werd in 1993 gecharterd als een filiaal van de YMCA van Greater Fort Wayne. In 2005 werd de Whitley YMCA gerenoveerd met een nieuwe fitnessfaciliteit, een dans- en aerobicsstudio en een jeugdrecreatiecentrum.
In 1994 werd het Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) ontwikkeld door het Youth Service Bureau. De School Age Child Care ging in 1996 zijn eerste volle jaar in met meer dan 700 kinderen per dag in voor- en naschoolse programma’s.
De Jorgensen Family YMCA opende in september 1998. Hun oorspronkelijke locatie was op Homestead Road en verhuisde toen naar de huidige locatie op Aboite Center Road.
In 2001 opende de Parkview Family YMCA en werd in 2004 gerenoveerd om al hun leden te kunnen huisvesten.