In 1975 trad Faust toe tot de faculteit van de Universiteit van Pennsylvania als assistent-professor in de Amerikaanse beschaving. Faust was gespecialiseerd in de geschiedenis van het Zuiden in de antebellumperiode en de Burgeroorlog en werd Walter Annenberg Professor of History.
Booknotes interview met Faust over Mothers of Invention, 1 september 1996, C-SPAN
Presentatie door Faust over This Republic of Suffering, 9 januari 2008, C-SPAN
Ze is de auteur van zes boeken, waaronder Mothers of Invention: Women of the Slaveholding South in the American Civil War (1996), waarvoor ze zowel de Francis Parkman Prize van de Society of American Historians als de Avery O. Craven Award van de Organization of American Historians in 1997 heeft gewonnen. Haar andere werken zijn James Henry Hammond and Old South, een biografie van James Henry Hammond, gouverneur van South Carolina van 1842 tot 1844. This Republic of Suffering (2008) was een veelgeprezen verkenning van hoe het begrip van de dood in de Verenigde Staten werd gevormd door de grote verliezen tijdens de Burgeroorlog. Het was finalist voor de Pulitzer Prize en de National Book Award.
In 2001 werd Faust benoemd tot de eerste decaan van het Radcliffe Institute for Advanced Study, dat werd opgericht na de fusie van Radcliffe College met Harvard University.
Op 8 februari 2007 werd Faust gekozen als de volgende president van de universiteit. Na de formele goedkeuring door de universiteitsbesturen werd haar benoeming drie dagen later officieel gemaakt. Faust was de eerste vrouw die president was van Harvard University.
Faust verving Lawrence Summers, die op 30 juni 2006 ontslag nam na een reeks controversiële uitspraken die leidden tot toenemende kritiek van leden van Harvard’s faculteit van Kunsten en Wetenschappen. Derek Bok, die van 1971 tot 1991 president van Harvard was geweest, keerde terug als interim-president tijdens het academisch jaar 2006-2007.
Tijdens een persconferentie op de campus zei Faust: “Ik hoop dat mijn eigen benoeming een symbool kan zijn van een opening van mogelijkheden die zelfs een generatie geleden nog ondenkbaar zouden zijn geweest.” Ze voegde er ook aan toe: “Ik ben niet de vrouwelijke president van Harvard, ik ben de president van Harvard.”
Op 12 oktober 2007 hield Faust haar installatietoespraak en zei:
Een universiteit gaat niet over resultaten in het volgende kwartaal; het gaat er zelfs niet over wie een student is geworden bij zijn afstuderen. Het gaat om leren dat een leven lang vorm geeft, leren dat het erfgoed van millennia overdraagt; leren dat de toekomst vormgeeft.
In een van Fausts eerste initiatieven verhoogde ze de financiële steun voor studenten aan Harvard College aanzienlijk. Op 10 december 2007 kondigde Faust een nieuw beleid aan voor studenten uit de middenklasse en de hogere middenklasse, waarbij de ouderbijdrage werd beperkt tot 10 procent voor gezinnen met een inkomen tussen 100.000 en 180.000 dollar per jaar, en leningen werden vervangen door beurzen. Bij de aankondiging van het beleid zei Faust: “Onderwijs is de motor die de Amerikaanse democratie laat werken…. En het moet werken en dat betekent dat mensen toegang moeten hebben.” Het nieuwe beleid is een uitbreiding op eerdere programma’s die bijdragen afschaften voor gezinnen die minder dan 60.000 dollar per jaar verdienden en de kosten sterk verlaagden voor gezinnen die minder dan 100.000 dollar verdienden. Een soortgelijk beleid werd vervolgens aangenomen door Stanford, Yale, en vele andere particuliere Amerikaanse universiteiten en hogescholen.
Naast het bevorderen van de toegang tot het hoger onderwijs, heeft Faust getuigd voor het Amerikaanse Congres om meer financiering voor wetenschappelijk onderzoek en ondersteuning van junior faculteit onderzoekers te bevorderen. Zij heeft er een prioriteit van gemaakt om de kunst aan Harvard nieuw leven in te blazen en te integreren in het dagelijkse leven van studenten en personeel. Faust heeft zich ingezet voor een verdere internationalisering van de universiteit. Daarnaast is ze een groot voorstander van duurzaamheid en heeft ze een ambitieus doel gesteld om de uitstoot van broeikasgassen door de universiteit in 2016 met 30% te verminderen ten opzichte van 2006.
In mei 2008 kreeg Christina Romer, hoogleraar economie aan de University of California, Berkeley, ondanks steun van de leden van de economische faculteit van Harvard, geen aanstelling op Harvard aangeboden. Op Harvard omvat het vertrouwelijke karakter van het proces een panel dat bestaat uit externe deskundigen en interne faculteitsleden van buiten de afdeling. Faust heeft geweigerd om persberichten over de zaak van Romer te bespreken. Romer werd later door president Barack Obama voorgedragen als voorzitter van de Raad van Economische Adviseurs. Ook tijdens Fausts ambtstermijn was de economische faculteit van Harvard getuige van een uittocht van prominente faculteiten naar Stanford en MIT, waaronder Raj Chetty, Susan Athey, Guido Imbens, Drew Fudenberg en Nobelprijswinnaar Al Roth.
In de nasleep van een reeks ontslagen in juni 2009 kreeg Faust kritiek omdat hij weigerde een salarisverlaging te accepteren die banen zou hebben gered. In de maanden voorafgaand aan de ontslagen riepen verschillende campusgroepen Faust en andere bestuurders op om hun salarissen te verlagen als middel om de kosten op de campus te drukken. Verslagen over Faust’s salaris verschillen: Volgens de Boston Globe verdiende Faust in het schooljaar 2007-2008 775.043 dollar, terwijl de Harvard Crimson meldde dat Faust in het fiscale jaar 2008-2009 693.739 dollar verdiende aan salaris en secundaire arbeidsvoorwaarden. Begin 2009 keurde de Harvard Corporation een salarisstop goed voor de president, decanen, topfunctionarissen, leidinggevend personeel en faculteit, en werd een vervroegde pensioenregeling aangeboden. De universiteit ging ook over tot een onvrijwillige personeelsvermindering van 2,4 procent van haar werknemers.
In december 2010 schreven Faust en Stanford University President John L. Hennessy samen een hoofdartikel ter ondersteuning van de goedkeuring van de DREAM Act. De wetgeving werd niet aangenomen door het 111e Amerikaanse Congres.
In 2011 ondertekende Faust een overeenkomst met Navy-secretaris Ray Mabus, JD ’76, om het Naval Reserve Officers Training Corps (NROTC) -programma formeel terug te brengen naar de campus na bijna 40 jaar, na de intrekking van de “Don’t Ask Don’t Tell” -wet in december 2010.
Faust ging in juni 2018 met pensioen als president van Harvard College, opgevolgd door Lawrence Bacow. Vier dagen na haar terugtreden als president trad ze toe tot de raad van bestuur van Goldman Sachs. Ze behoudt haar titel als hoogleraar geschiedenis aan Harvard.