1975年、ペンシルベニア大学助教授（アメリカ文明学）に就任。 前世紀の南部と南北戦争の歴史を専門とするファウストは、ウォルター・アネンバーグ歴史学教授に昇進しました。
Booknotes interview with Faust on Mothers of Invention, September 1, 1996, C-SPAN
Presentation by Faust on This Republic of Suffering, January 9, 2008, C-SPAN
著書として、Mothers of Invention など6冊を出版しています。 この本で、1997年に米国歴史家協会のフランシス・パークマン賞と米国歴史家協会のエイブリー・O・クレイヴン賞を受賞しています。 その他の著作に、1842年から1844年までサウスカロライナ州知事を務めたジェームズ・ヘンリー・ハモンドの伝記『James Henry Hammond and Old South』などがある。 This Republic of Suffering (2008)は、南北戦争中の多大な損失により、死に対する米国の理解がどのように形成されたかを探り、高い評価を受けた。
2001年、ファウストは、ラドクリフ大学とハーバード大学の合併により設立されたラドクリフ高等研究所の初代所長に就任しました。
2007年2月8日、ファウストは同大学の次期学長に選出されました。 2007年2月8日、ファウストは次期学長に選ばれ、大学理事会の正式な承認を経て、3日後に正式に任命された。
ファウストは、2006年6月30日に辞任したローレンス・サマーズの後任として、ハーバード大学の芸術科学部のメンバーから批判を浴び、一連の問題発言で辞任しました。
キャンパスでの記者会見でファウストは、「私自身の就任が、一昔前には考えられなかったような機会の開放のひとつのシンボルになればと思います」と述べました。 また、「私はハーバードの女性学長ではなく、ハーバードの学長です」とも付け加えました。
2007年10月12日、ファウストは就任演説を行い、
大学とは次の四半期の結果ではなく、学生が卒業までにどんな人になったかも関係ないのです。 大学とは、一生を形作る学習、千年の遺産を伝える学習、未来を形作る学習のことである」
ファウスト氏の最初の取り組みの1つとして、彼女はハーバード大学の学生への学資援助を大幅に増やしました。 2007年12月10日、ファウストは中流以上の学生を対象に、年間所得10万ドルから18万ドルの家庭を対象に、親の負担を10％に制限し、ローンを補助金に置き換えるという新しい方針を発表した。 ファウスト氏はこの方針を発表する際、「教育はアメリカの民主主義を機能させるエンジンである……」と述べた。 そして、教育は機能しなければならず、それは人々がアクセスできなければならないことを意味します “と述べた。 この新政策は、年収6万ドル以下の家庭の負担金をなくし、10万ドル以下の家庭の負担金を大幅に減らすという、以前のプログラムを発展させたものである。 7039>
高等教育へのアクセスを促進することに加え、ファウストは米国議会で証言し、科学研究への資金援助と若手研究者の支援を促進しています。 また、ハーバード大学の芸術を活性化させ、学生やスタッフの日常生活に取り入れることを優先しています。 また、大学の国際化を推進。 さらに、彼女は持続可能性の強力な提唱者であり、2016年までに、将来の成長に伴うものを含め、大学の温室効果ガス排出量をハーバード大学の2006年の基準値より30％削減するという野心的な目標を設定した。
2008年5月、カリフォルニア大学バークレー校の経済学教授、クリスチャン・ロマーは、ハーバード大学経済学部メンバーからの支持にもかかわらず、同学部での終身雇用をオファーされなかった。 ハーバード大学では、外部の専門家や学部の内部教員で構成されるパネルが設置されており、そのプロセスの機密性が確保されている。 ファウストは、ローマー氏のテニュア案件に関する報道について言及を避けている。 ローマーはその後、バラク・オバマ大統領によって経済諮問委員会の議長に指名された。 ファウスト在任中、ハーバード大学経済学部では、ラージ・チェティ、スーザン・アティ、グイド・インベンス、ドリュー・フーデンバーグ、ノーベル賞受賞者のアル・ロスら著名な教授がスタンフォードやMITに流出する事態も起きた。
2009年6月の一連の解雇を受け、ファウストは、雇用を守るための給与カットを拒否して批判された。 レイオフに先立つ数カ月間、学内のさまざまな団体が、学内の経費削減の手段としてファウストや他の管理職の給与を減らすよう求めていたのである。 ファウスト氏の給与に関する報道はさまざまだ。 Boston Globe紙によると、2007-2008年度のファウストの給与は775,043ドル、Harvard Crimson紙によると、2008-2009年度のファウストの給与と手当は693,739ドルであった。 2009年初め、ハーバード・コーポレーションは、学長、学部長、上級役員、管理職、教員の給与凍結を承認し、早期退職プログラムを提供した。 7039>
2010年12月、ファウストとスタンフォード大学学長ジョン・L・ヘネシーは、DREAM法の成立を支持する論説を共同執筆した。 同法は第111回合衆国議会では成立しなかった。
2011年、ファウストは海軍長官レイ・マバス（JD ’76）と協定を結び、2010年12月の「Don’t Ask Don’t Tell」法の廃止を受けて、約40年ぶりに海軍予備役訓練兵団（NROTC）プログラムを正式に大学内に戻した。
ファウストは2018年6月にハーバード大学長からローレンス・バコウに継承し退任した。 学長退任の4日後、ゴールドマン・サックスの取締役に就任した。 ハーバード大学の歴史学教授としての肩書きは残している
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