Pearl Harbor eredetileg egy kiterjedt sekély öböl volt, amelyet a hawaiiak Wai Momi (jelentése: “Gyöngyvizek”) vagy Puʻuloa (jelentése: “hosszú domb”) néven emlegettek. Puʻuloa-t a hawaii legendákban a cápaistennő, Kaʻahupahau és testvére (vagy fia), Kahiʻuka otthonának tekintették. A hagyomány szerint Keaunui, a nagyhatalmú Ewa-főnökök feje a mai Puʻuloa sótelep közelében hajózható csatornát vágott, amellyel a “Gyöngy-folyó” néven ismert torkolatot a hajózás számára hozzáférhetővé tette. A legendák felerősödését megfelelően figyelembe véve, a torkolat már rendelkezett vízkivezetéssel a jelenlegi rés helyén; de jellemzően Keaunui érdeme, hogy kiszélesítette és mélyítette azt.
Tizenkilencedik század
Pearl Harbor az 1880-as években.
A XIX. század elején Pearl Harbort sekély bejárata miatt nem használták nagy hajók számára. Az Egyesült Államok érdeklődése a Hawaii-szigetek iránt a csendes-óceáni bálnavadászati, hajózási és kereskedelmi tevékenységének eredményeként nőtt meg. Már 1820-ban kineveztek egy “az Egyesült Államok kereskedelmi és tengerészügynököt”, aki a honolului kikötőben az amerikai üzleti ügyeket intézte. Ezeket az amerikai kontinenshez fűződő kereskedelmi kapcsolatokat az amerikai külmissziós megbízottak tanácsának munkája kísérte. Az amerikai misszionáriusok és családjaik a hawaii politikai testület szerves részévé váltak.
Az 1820-as és 1830-as években számos amerikai hadihajó látogatott Honoluluba. A legtöbb esetben a parancsnokok az amerikai kormány leveleit vitték magukkal, amelyekben tanácsokat adtak a kormányzati ügyekről és a szigetország külföldi hatalmakkal való kapcsolatairól. 1841-ben a Honoluluban nyomtatott Polynesian című újság azt szorgalmazta, hogy az Egyesült Államok létesítsen haditengerészeti támaszpontot Hawaiin a bálnavadászattal foglalkozó amerikai állampolgárok védelme érdekében. A brit hawaii külügyminiszter, Robert Crichton Wyllie 1840-ben megjegyezte, hogy “… véleményem szerint az események sodrása az Egyesült Államokhoz való csatolás felé rohan.”
A polgárháború befejezésétől, Alaszka megvásárlásától, a csendes-óceáni államok megnövekedett jelentőségétől, az ázsiai országokkal tervezett kereskedelemtől és a hawaii alapanyagok vámmentes piacának vágyától a hawaii kereskedelem bővült. 1865-ben megalakult az észak-csendes-óceáni hajóraj, amely a nyugati partvidéket és Hawaiit foglalta magába. A Lackawanna a következő évben azt a feladatot kapta, hogy a szigetek között hajózzon, “egy nagy és növekvő érdeklődésű és jelentőségű helységben”. Ez a hajó felmérte az északnyugati Hawaii-szigeteket Japán felé. Ennek eredményeként az Egyesült Államok igényt tartott Midway szigetére. A haditengerészeti miniszter 1868-as éves jelentésében azt írhatta, hogy 1867 novemberében Honoluluban 42 amerikai zászló lobogott a bálnavadászhajók és kereskedelmi hajók felett, míg más nemzeteké csak hat. Ez a megnövekedett aktivitás legalább egy hadihajó állandó beosztását eredményezte a hawaii vizekre. Midway-szigetet is dicsérte, mivel olyan kikötővel rendelkezik, amely felülmúlja Honolulu kikötőjét. A következő évben, 1869. március 1-jén a kongresszus 50 000 dolláros előirányzatot hagyott jóvá e kikötő megközelítésének elmélyítésére.
Asztronauta fotója Pearl Harborról 2009 októberéből
Az 1868 utáni időszakban, amikor a csendes-óceáni flotta parancsnoka az amerikai érdekek védelmében ellátogatott a szigetekre, a tengerésztisztek fontos szerepet játszottak a belügyekben. Üzleti vitákban választottbíróként, kereskedelmi megállapodások tárgyalóiként és a törvény és a rend védelmezőiként szolgáltak. A hawaii királyi család tagjai és a szigetek fontos kormánytisztviselői számára rendszeres utazásokat szerveztek a szigetek között és a szárazföldre az amerikai hadihajók fedélzetén. Amikor Lunalilo király 1873-ban meghalt, tárgyalások folytak Pearl Harbornak mint kikötőnek az USA-ba irányuló vámmentes cukorexporthoz való átengedéséről. 1874 márciusában Kalākaua király megválasztásával zavargások miatt a USS Tuscarora és a Portsmouth tengerészeit szállították partra. A brit hadihajó, a HMS Tenedos is partra szállt egy jelképes erővel. Kalākaua király uralkodása alatt az Egyesült Államok kizárólagos jogot kapott Pearl Harborba való belépésre és “egy benzinkút és javítóállomás létesítésére.”
Noha ez a szerződés 1898 augusztusáig érvényben maradt, az Egyesült Államok nem erősítette meg Pearl Harbort haditengerészeti bázisként. Mint 60 éven át, a sekély bejárat félelmetes akadályt képezett a belső kikötő mély, védett vizeinek használatával szemben.
Az Egyesült Államok és a Hawaii Királyság 1884. december 6-án aláírta az 1875. évi, egyezménnyel kiegészített viszonossági szerződést. Ezt a szerződést 1887-ben ratifikálták. 1887. január 20-án az Egyesült Államok szenátusa engedélyezte a haditengerészetnek a kizárólagos jogot, hogy Pearl Harborban benzinkút- és javítóállomást tartson fenn. (Az Egyesült Államok ugyanezen év november 9-én vette birtokba). Az 1898-as spanyol-amerikai háború és az a vágy, hogy az Egyesült Államoknak állandó jelenléte legyen a Csendes-óceánon, egyaránt hozzájárult a döntéshez.
Haditengerészeti jelenlét (1899-től napjainkig)
USS Arizona, a Pearl Harbor elleni japán támadás során, 1941. december 7.
A Hawaii Királyság megdöntését követően az Egyesült Államok haditengerészete 1899-ben bázist létesített a szigeten. 1941. december 7-én a bázist megtámadták a Japán Császári Haditengerészet repülőgépei és törpe tengeralattjárói, ami az amerikaiak második világháborúba való belépését okozta. Hawaii légi védelmére nem létezett érdemi terv, mivel az amerikai parancsnokok nem voltak tisztában a légierő képességeivel és megfelelő alkalmazásával. Így is történt, ha a Csendes-óceáni Flotta a hadi figyelmeztetések alapján cselekedett volna, kétségtelenül sorakozott volna és december 7-én már a tengeren lett volna, ahol a nagyobb hajók a mély vízben süllyedtek volna el, lehetetlenné téve a mentést. Röviddel a Pearl Harbor elleni pusztító japán meglepetésszerű támadás után két amerikai katonai parancsnokot, Walter Short altábornagyot és Husband Kimmel admirálist teljes rangjukból lefokozták. A két amerikai parancsnok később igyekezett helyreállítani hírnevüket és teljes rangjukat.
A második világháború után
A második világháború után Pearl Harbor a San Diegó-i haditengerészeti bázissal együtt az amerikai csendes-óceáni flotta fő bázisa maradt. 2010-ben a haditengerészet és a légierő egyesítette két közeli bázisát; Pearl Harbor egyesült a Hickam légibázissal, így jött létre a Pearl Harbor-Hickam közös bázis.
2016 decemberében Shinzo Abe japán miniszterelnök Barack Obama amerikai elnökkel közös látogatást tett Pearl Harborban. Ez az út a támadás 75. évfordulója alkalmából történt, és ez volt az első hivatalos látogatás egy hivatalban lévő japán vezető részéről.
2019 decemberében az amerikai haditengerészet egy tengerésze megölt két civil dolgozót és megsebesített egy másikat, mielőtt lelőtte magát a Pearl Harbor-i haditengerészeti hajógyárban.
2020. május 11-én bejelentették, hogy az Ocean Infinity közös expedíciója a Pacific Constructor nevű hajójával és a Dr. James Delgado által vezetett SEARCH Inc. műveleti központja felfedezte a Nevada roncsát. A hajó Hawaii partjaitól 15 400 láb (4700 m) mélységben, Pearl Harbortól mintegy 65 tengeri mérföldre délnyugatra található. A régészek dokumentálták a két háromlábú árbocot, a híd egy részét, a fedélzet és a felépítmény részeit, valamint az atombombakísérletekhez a fedélzeten elhelyezett tartályt is. A hajótest még mindig festett volt, és a tatján a “36” szám volt látható. A COVID-19 világméretű egészségügyi válság, a világjárvány következtében a hajó a tengeren maradt a legkülönfélébb feladatokon.