Tapa, jolla Ranskan hallinto perustettiin Algeriaan vuosina 1830-47, loi pohjan sille hallintomallille, jota Ranskan Algeria ylläpiti itsenäisyyteen asti. Sille oli ominaista väkivallan perinne ja keskinäinen ymmärtämättömyys hallitsijoiden ja hallittujen välillä; ranskalainen poliitikko ja historioitsija Alexis de Tocqueville kirjoitti, että kolonisaatio oli tehnyt muslimiyhteiskunnasta barbaarisemman kuin se oli ennen ranskalaisten saapumista. Ranskalaisten hallitsijoiden ja valtaväestön väliltä puuttui suhteellisen vähän vakiintuneita alkuperäiskansojen välittäjiä, ja jatkuvasti kasvava ranskalaissiirtolaisväestö (colonit, jotka tunnetaan myös nimellä pieds noirs) vaati hallitsevan vähemmistön etuoikeuksia ranskalaisen demokratian nimissä. Kun Algeriasta lopulta tuli juridisesti osa Ranskaa, se vain lisäsi kolonien valtaa, ja he lähettivät edustajia Ranskan parlamenttiin. Heidän osuutensa kokonaisväestöstä oli noin kymmenesosa 1800-luvun lopusta Ranskan vallan päättymiseen asti.
Asiirtolaisten ylivalta Algeriassa varmistui kuitenkin vasta Napoleon III:n kaaduttua vuonna 1870 ja Ranskan kolmannen tasavallan syntyessä. Siihen asti Algeria pysyi pitkälti sotilashallinnon alaisena, ja Algerian kenraalikuvernööri oli 1880-luvulle asti lähes poikkeuksetta sotilasupseeri. Useimpia algerialaisia – siirtokuntia lukuun ottamatta – hallitsivat sotilasupseerit, jotka olivat järjestäytyneet arabitoimistoihin, joiden jäsenet olivat upseereita, jotka tunsivat paikalliset asiat ja kansan kielen hyvin mutta joilla ei ollut suoraa taloudellista intressiä siirtokunnassa. Siksi upseerit suhtautuivat usein myötämielisemmin hallinnoimiensa ihmisten näkemyksiin kuin eurooppalaisten siirtolaisten vaatimuksiin. Ranskan Algerian paradoksi oli se, että despoottinen ja sotilashallinto tarjosi algerialaisille paremman tilanteen kuin siviilihallinto ja demokraattinen hallinto.
Laajamittainen viljelykelpoisen maan takavarikointiohjelma mahdollisti kolonisaation sen jälkeen, kun vastarinta oli murskattu. Siirtolaissiirtolaisuus oli sekalaista eurooppalaista alkuperää – pääasiassa espanjalaista Oranissa ja sen ympäristössä ja ranskalaista, italialaista ja maltalaista keskustassa ja idässä. Muiden kuin ranskalaisten uudisasukkaiden läsnäoloon suhtauduttiin virallisesti jonkin aikaa hälyttävästi, mutta ranskalaisen koulutuksen, muslimiympäristön ja algerialaisen ilmaston vaikutus synnytti lopulta muiden kuin ranskalaisten keskuudessa eurooppalais-algerialaisen alikansallisen tunteen. Tämä olisi luultavasti aikanaan johtanut itsenäisen valtion luomiseen tähtäävään liikkeeseen, jos Algeria olisi sijainnut kauempana Pariisista ja jos uudisasukkaat eivät olisi pelänneet muslimienemmistön potentiaalista voimaa.
Louis-Philippe-hallinnon kukistuttua vuonna 1848 uudisasukkaat onnistuivat saamaan alueen julistetuksi ranskalaiseksi; entiset turkkilaisprovinssit muutettiin departementeiksi ranskalaisen mallin mukaan, samalla kun kolonisaatio eteni uudella tarmolla. Ranskan toisen keisarikunnan perustamisen myötä vuonna 1852 Algeriaa koskeva vastuu siirrettiin Algerista Pariisissa toimivalle ministerille, mutta keisari Napoleon III kumosi pian tämän määräyksen. Vaikka hän ilmaisi toivovansa, että lisääntynyt uudisasukkaiden määrä pitäisi Algerian ikuisesti ranskalaisena, hän julisti myös, että Ranskan ensisijainen velvollisuus oli kolme miljoonaa arabia kohtaan. Hän julisti varsin täsmällisesti, että Algeria ei ollut ”ranskalainen provinssi vaan arabimaa, eurooppalainen siirtomaa ja ranskalainen leiri”. Tämä asenne herätti algerialaisissa tiettyjä toiveita, mutta keisarin kaatuminen vuonna 1870 tuhosi ne. Ranskan kärsittyä tappion Ranskan ja Saksan välisessä sodassa uudisasukkaat tunsivat voivansa vihdoin saada lisää maata. Tämän sekä kuivuus- ja nälkävuosien kannustamina algerialaiset yhdistyivät vuonna 1871 Muḥammad al-Muqrānīnīn johdolla viimeiseen suureen Kabylian kansannousuun. Ranskalaiset joukot tukahduttivat sen raa’asti, minkä jälkeen otettiin haltuun toinen suuri osa alueesta, joka tarjosi maata Elsassista tulleille eurooppalaisille pakolaisille. Ranskalaiset hankkivat paljon maata myös sellaisten lakien porsaanreikien kautta, joiden tarkoituksena oli alun perin suojella heimojen omaisuutta. Näistä mainittakoon vuoden 1863 sénatus-consulte -laki, joka hajotti heimojen maat ja mahdollisti sen, että uudisasukkaat saivat haltuunsa laajoja alueita, jotka oli aiemmin turvattu heimolailla. Näiden alueiden menettämisen jälkeen algerialaiset talonpojat siirtyivät marginaalimaihin ja metsien läheisyyteen; heidän läsnäolonsa näillä alueilla pani alulle laajalle levinneen ympäristön pilaantumisen, joka on sittemmin vaikuttanut Algeriaan.
Algerialaisten kärsimiä menetyksiä ranskalaismiehityksen ensimmäisinä vuosina on vaikea arvioida inhimillisinä mittareina. Arviot tauteihin ja nälkään sekä siirtomaavallan alkuvuosina käytyjen sotatoimien välittömänä seurauksena kuolleiden määrästä vaihtelevat huomattavasti, mutta luotettavimmat arviot osoittavat, että Algerian alkuperäisväestö väheni lähes kolmanneksella ranskalaisten maihinnousun ja taistelujen päättymisen välisenä aikana 1870-luvun puolivälissä.
Pikkuhiljaa eurooppalaiset vakiinnuttivat melkein totaalisen poliittisen, taloudellisen ja yhteiskunnallisen ylivallan maata ja sen alkuperäisasukkaita kohtaan. Samaan aikaan uudet viestintäyhteydet, sairaalat ja lääkäripalvelut sekä koulutusmahdollisuudet tulivat laajemmin eurooppalaisten saataville, vaikka niitä jaettiinkin rajoitetusti – ja ranskan kielellä – algerialaisille. Uudisasukkaat omistivat suurimman osan länsimaisista asunnoista, länsimaistyylisistä maatiloista, yrityksistä ja työpajoista. Algerialaiset saivat vain peruskoulutusta, ja sitäkin vain kaupungeissa, ja korkea-asteen koulutusmahdollisuudet olivat rajalliset. Koska työpaikat keskittyivät pääasiassa taajamiin, vajaatyöllisyys ja krooninen työttömyys koskivat suhteettomasti muslimeja, jotka asuivat enimmäkseen maaseudulla ja puolimaaseudulla.
Algerialaisille palvelus Ranskan armeijassa ja ranskalaisissa tehtaissa ensimmäisen maailmansodan aikana oli silmiä avaava kokemus. Noin 200 000 taisteli sodan aikana Ranskan puolesta, ja yli kolmannes 20-40-vuotiaista miespuolisista algerialaisista asui tuona aikana Ranskassa. Kun rauha palasi, noin 70 000 algerialaista jäi Ranskaan ja pystyi säästeliäästi elämällä elättämään monia tuhansia sukulaisiaan Algeriassa.