Hay templos dedicados a Mut que siguen en pie en el actual Egipto y Sudán, lo que refleja el extendido culto a ella. El centro de su culto en Sudán fue el templo de Mut de Jebel Barkal y en Egipto el templo de Karnak. Ese templo tenía la estatua que se consideraba una encarnación de su ka real. Sus devociones incluían rituales diarios por parte del faraón y sus sacerdotisas. Los relieves interiores representan escenas de las sacerdotisas, actualmente el único ejemplo conocido de culto en el antiguo Egipto que era administrado exclusivamente por mujeres.
Por lo general, la reina servía como sacerdotisa principal en los rituales del templo. El faraón también participaba y se convertía en una deidad tras su muerte. En el caso de que el faraón fuera mujer, los registros de un ejemplo indican que hizo que su hija sirviera como sacerdotisa principal en su lugar. A menudo los sacerdotes servían en la administración de los templos y oráculos donde las sacerdotisas realizaban los ritos religiosos tradicionales. Estos ritos incluían música y bebida.
La faraona Hatshepsut mandó reconstruir el antiguo templo de Mut en Karnak durante su gobierno en la dinastía XVIII. Los excavadores anteriores habían pensado que Amenhotep III había mandado construir el templo debido a los cientos de estatuas encontradas allí de Sekhmet que llevaban su nombre. Sin embargo, Hatshepsut, que realizó un enorme número de templos y edificios públicos, había terminado la obra setenta y cinco años antes. Ella inició la costumbre de representar a Mut con la corona del Alto y del Bajo Egipto. Se cree que Amenhotep III eliminó la mayoría de los signos de Hatshepsut, a la vez que se atribuía el mérito de los proyectos que ella había construido.
Hatshepsut fue una faraona que volvió a situar a Mut en el primer plano del panteón egipcio, identificándose fuertemente con la diosa. Declaró que era descendiente de Mut. También se asoció con la imagen de Sekhmet, como el aspecto más agresivo de la diosa, habiendo servido como una guerrera muy exitosa durante la primera parte de su reinado como faraón.
Más tarde, en la misma dinastía, Akenatón suprimió el culto a Mut, así como a las otras deidades, cuando promovió el culto monoteísta de su dios del sol, Atón. Más tarde, Tutankamón restableció su culto y sus sucesores continuaron asociándose con Mut después.
Ramesses II añadió más obras al templo de Mut durante la decimonovena dinastía, además de reconstruir un templo anterior en la misma zona, rededicándolo a Amón y a él mismo. Lo colocó de forma que la gente tuviera que pasar por su templo de camino al de Mut.
Los faraones kushitas ampliaron el templo de Mut y modificaron el de Ramsés para utilizarlo como santuario del célebre nacimiento de Amón y Khonsu, tratando de integrarse en la sucesión divina. También instalaron sus propias sacerdotisas entre las filas de las sacerdotisas que oficiaban en el templo de Mut.
La dinastía griega ptolemaica añadió también sus propias decoraciones y sacerdotisas en el templo y utilizó la autoridad de Mut para enfatizar sus propios intereses.
Más tarde, el emperador romano Tiberio reconstruyó el lugar tras una grave inundación y sus sucesores mantuvieron el templo hasta que cayó en desuso, en algún momento del siglo III d.C. Los funcionarios romanos posteriores utilizaron las piedras del templo para sus propios proyectos de construcción, a menudo sin alterar las imágenes talladas en ellas.