V roce 1636 byla zátoka Gowanus – pojmenovaná po Gauwane (Gouwane, doslova „spáč“), indiánovi z kmene Canarsee – místem prvního osídlení holandskými zemědělci na území dnešního Brooklynu. Rybníky na gowanuských loukách sloužily prvním osadníkům k pohonu mlýnů poháněných přílivem a odlivem, které stály podél potoka Gowanus Creek. Během americké revoluční války se v Gowanusu odehrály boje v bitvě o Long Island a američtí vojáci se rozmístili na Gowanus Heights (dnes Park Slope), odkud měli dobrý výhled na britské lodě, které přistávaly v zálivu. V 60. letech 19. století se z potoka Gowanus Creek stal kanál Gowanus a oblast se stala centrem výroby a lodní dopravy. V důsledku průmyslu podél kanálu a zřízení kombinovaného kanalizačního systému, který vypouštěl odpadní vody přímo do určeného odtoku v čele kanálu, začala být čtvrť definována znečištěným kanálem. Po druhé světové válce úpadek lodní dopravy v přístavu Red Hook a výroby v okolí New Yorku přiměl velké průmyslové podniky k odchodu a změnil životaschopnost průmyslu v Gowanusu. Koncem 40. let 20. století se čtvrť stala místem několika bytových projektů NYCHA, které byly zčásti postaveny pro bydlení vracejících se veteránů druhé světové války.
Voda a velká část půdy podél břehů kanálu Gowanus byly vážně znečištěny kombinovanými odtoky kanalizace (CSO) podél kanálu, které mají odvádět splaškové a dešťové vody při přetížení čistírny odpadních vod, a také desetiletími průmyslového využívání a rozsáhlou výrobou uhelného plynu koncem 19. století. Kanál Gowanus byl také údajnou skládkou mafie. Přesto se počátkem 80. let 20. století vedle kanálu postavila stará muniční továrna z 19. století na adrese 230 3rd Street v Gowanusu, kde vznikl mohutný Gowanus Memorial Artyard, jehož pozůstatky jsou dodnes patrné. Po desetiletích průmyslového znečištění kombinovaného s kontaminací odpadními vodami označila Agentura pro ochranu životního prostředí v roce 2010 kanál Gowanus za lokalitu Superfund a vyčlenila na jeho vyčištění 506 milionů dolarů. Datum dokončení čištění je stanoveno na rok 2022.