Em 1636, a Baía de Gowanus – com o nome de Gauwane (Gouwane, iluminado ‘o adormecido’), um índio Canarsee – foi o local do primeiro assentamento dos agricultores holandeses no que hoje é Brooklyn. As lagoas dos prados de Gowanus serviam para conduzir os primeiros moinhos de terra dos colonos que se encontravam ao longo do Gowanus Creek. Durante a Guerra Revolucionária Americana, Gowanus foi palco de combates na Batalha de Long Island e os soldados americanos posicionaram-se em Gowanus Heights (agora Park Slope), onde tinham uma vista completa dos navios britânicos enquanto faziam aterros na baía. Na década de 1860, o Gowanus Creek foi transformado no Canal do Gowanus, e a área se tornou um centro de fabricação e navegação. Como resultado da indústria ao longo do canal e do estabelecimento de um sistema combinado de esgoto que despejava águas residuais diretamente em um escoadouro designado à cabeceira do canal, a vizinhança passou a ser definida pelo canal poluído. Após a Segunda Guerra Mundial, o declínio da navegação no porto de Red Hook e da fabricação nos arredores de Nova York levou a grande indústria a sair e mudou a vibração da indústria em Gowanus. No final da década de 1940, o bairro tornou-se o local de vários projetos habitacionais da NYCHA, que foram construídos em parte para abrigar os veteranos que retornavam da Segunda Guerra Mundial.
A água e grande parte do terreno ao longo das margens do Canal de Gowanus foram severamente poluídos por vazões combinadas de esgoto (OSCs) ao longo do canal destinadas a aliviar o esgoto e a água pluvial quando a estação de tratamento de esgoto é inundada, bem como por décadas de uso industrial e fabricação extensiva de gás de carvão durante o final do século 19. O Canal de Gowanus também foi um suposto lixão da máfia. Mesmo assim, no início dos anos 80, ao lado do canal, uma antiga fábrica de munições do século XIX na Rua 3, 230, em Gowanus, tornou-se o local do enorme Pátio Memorial Gowanus, cujos restos ainda são visíveis. Após décadas de poluição industrial combinada com a contaminação de esgotos, a Agência de Proteção Ambiental designou o Canal Gowanus como local do Superfundo em 2010, alocando 506 milhões de dólares para a limpeza. A data de conclusão da limpeza está prevista para 2022.