Klicka på ikonerna ovan för att ladda ner den senaste ApE (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
Se instruktionerna nedan för att installera program med öppen källkod på en Mac. Om du installerar på OSX El Capitain (OSX 10.11) eller äldre system. Skicka mig ett mejl för instruktioner (ange din OS-version – jag ignorerar mejl utan denna information.)
Klicka här för att göra en frivillig donation till stöd för ApE.
Följ @ApEplasmid
En kort video om hur man installerar ApE på en Mac:
Din webbläsare har inte stöd för taggen <video>.
Körs i Windows (XP, Vista, 7, 8 och 10) och Mac (OS X v10.5 och högre) Markerar restriktionsställen i redigeringsfönstret Reflekterar exakt Dam/Dcm-blockering av enzymställen Markerar text med hjälp av fördefinierade och anpassade funktionsbibliotek Visar översättning, Tm, %GC, ORF för valt DNA i realtid Avläser DNA Strider, Fasta, Genbank- och EMBL-filer Sparar filer som DNA Strider-kompatibla eller Genbank-filformat Lyfter fram och ritar grafiska kartor med hjälp av funktionsannoteringar från genbank- och embl-filer Direkt BLASTs utvald sekvens på NCBI eller wormbase
Textkarta visar DNA-sekvens, översättning, och funktioner som textbaserad grafik
Skapar grafiska restriktionskartor- linjära eller cirkulära med angivna funktioner Kopplar samman grafiska funktioner och textfunktioner med dubbelklick på hyperlänkar Sparar grafik som inkapslad postscript- eller skalbar vektorgrafik Kopierar och sparar grafik som Windows-metafiler (endast MS Windows)
Virtuell restriktionsdiagramritning Ritar pre-Fördefinierade och användardefinierade DNA-stegar Kopplar band till text genom dubbelklick
Läser ABI-sekvenseringsspårfiler Sekvenser i ABI-spåren kan anpassas direkt till en referenssekvens, med anpassningen hyperlänkad tillbaka till spårningen.
Väljer platser som matchar flera kriterier (union/skärning – klippfrekvens, typ av plats) i alla öppna fönster Väljer platser som klipper oftare i en sekvens än i en annan (för snip-SNP-detektering eller diagnostiska digest) Har användardefinierad enzymgruppering för att särskilja t.ex. enzymer som för närvarande finns i lager. Tillåter användare att definiera nya enzymer med namn och igenkänningsplats Importerar DNA Strider-formatfiler (enkla enzymer, platslistor) tillgängliga från REBASE
Andra funktioner:
De flesta analysfönster har hyperlänkar till sina motsvarande sekvenser, inklusive: Grafiska kartor Textkartor Virtuella digests Utjämningar (inklusive ABI-sekvenser) Silent Sites Translation Primer Find Använder bibliotek för anpassade funktionsdefinitioner, vilket gör det möjligt att: Snabb annotering av sekvensen Snabb sökning och markering av alla tillgängliga primers som du (eller andra) har som hybridiserar till en sekvens Sekvensen kan annoteras och visualiseras på flera olika sätt snabbt och effektivt Grafiska kartor som visar primerbindningsställen och alla intressanta sekvensfunktioner Översätter sekvenser med valfri DNA-anpassning Hittar potentiella primers som matchar användarkriterierna (längd, Tm, %GC, egen/annan komplementaritet) Anpassar två DNA-sekvenser (eller någon kombination av sekvens och ABI-spår), med anpassningen hyperlänkad till den ursprungliga sekvensen Hittar översättningsmässigt tysta restriktionsställen Ritar grafiska ORF-kartor
Klicka här för att göra en frivillig donation till stöd för ApE.
Hämta äldre versioner
Du kan nu exportera genomiska regioner direkt från Wormbase: I den övre högra rullgardinsmenyknappen väljer du ”Download Track Data”. Klicka på knappen ”Configure…”. Dumpa valda funktioner med hjälp av version 3 Över för närvarande synlig region. Markera ”Save to File” (spara till fil). Markera ”Embed DNA sequence” (bädda in DNA-sekvensen). Avmarkera ”Inkludera spårkonfigurationsdata”. Klicka på ”Go”. Öppna den resulterande .gff-filen i den senaste ApE.
Alternativt kan du exportera en genomisk region (från genomvisaren) som en FASTA-formaterad fil (med hjälp av menyn uppe till vänster). Du kan lägga till funktionsspåren genom att ladda ner GFF3-funktionsspårfilerna med hjälp av samma meny. I ApE öppnar du FASTA-filen och använder sedan menyn Funktioner för att öppna GFF3-spårinformationen.
Ett annat sätt är att ta genmodellen (från en gensida), klistra in den i ett ApE-fönster och sedan markera allt, skapa en ny funktion (menyn Funktioner) och i fönstret Redigera funktioner som visas trycker du på knappen ”endast versaler”. Om du tror att ApE inte hittar alla ClaI-platser (eller XbaI eller BclI) som du VET finns i din sekvens, stäng av Dam/Dcm-metyleringen på din sekvens och försök igen. Se här för mer information. Klicka här för att göra en frivillig donation till stöd för ApE.
för att göra en frivillig donation till stöd för ApE.
