Specificitet är en egenskap hos enzymet och beskriver hur restriktivt enzymet är i sitt val av substrat; ett fullständigt specifikt enzym skulle bara ha ett substrat.
Specificiteten hos serinproteaserna är vanligen inte särskilt hög eftersom de har liknande aktiva platser och verkar genom samma proteolytiska mekanism.
Som en följd av detta kan ett enskilt serinproteas verka på olika substrat, även om det sker med olika hastighet. Hur substratet passar in i enzymets aktiva plats är av avgörande betydelse för resultatet av enzym-substratreaktionen. Den bindning som ska klyvas måste ha en specifik orientering i förhållande till aminosyrans sidokedjor i den katalytiska triaden. Den viktigaste faktorn som styr hur ett substrat passar för ett enzym är aminosyrasekvensen runt den bindning som ska klyvas.
Trypsin klyver amider och estrar av de basiska aminosyrorna argininin och lysin. Trombin har en liknande preferens, men är mer specifik för arginin än för lysin.
Selektivitet är en egenskap hos substratet och anger i vilken grad substratet binds till och klyvs av olika enzymer. Det bästa måttet på selektivitet ges av förhållandet kcat/Km. Syntetiska substrat är betydligt mindre än de naturliga substraten och kan vanligtvis klyvas av mer än ett enzym, dvs. syntetiska substrat är inte helt selektiva. Förklaringen till detta är att stora substrat som fibrinogen inte bara interagerar med den aktiva platsen utan även med enzymets yttre domäner. Sådana interaktioner gör det möjligt för substrat att diskriminera mellan olika serinproteaser och fibrinogen blir därmed mycket selektivt för trombin.
Selektivitetstabeller
Selektivitetsuppgifterna i tabellen har sammanställts för att ge forskaren möjlighet att förstå hur ett kontaminerande enzym skulle påverka den enzym-substratreaktion som studeras. Ett annat sätt att uttrycka detta är att säga att tabellen visar den relativa reaktiviteten hos två eller flera enzymer på ett visst substrat. Tabellen ska läsas horisontellt. Varje rad representerar reaktiviteten hos ett substrat som är avsett att användas med ett visst enzym, som anges till vänster, i förhållande till andra relevanta enzymer.
Exempel: Den översta raden visar den relativa reaktiviteten hos trombin-substratet S-2238™ med olika enzymer. Alla experiment utfördes med samma buffert, dvs. den som är lämpligast för reaktionen mellan trombin och det kromogena substratet S-2238™. Dessutom var substratkoncentrationen alltid densamma, dvs. 2 x Km för reaktionen mellan det kromogena substratet S-2238™ och trombin. Koncentrationerna av de olika enzymerna anges i tabell 2 och är relaterade till plasmakoncentrationen av motsvarande zymogen. Reaktiviteten hos det kromogena substratet S-2238™ med trombin, mätt som den tidsberoende ökningen av absorbansen (ΔA/min), ges värdet 100 % (det faktiska värdet av ΔA/min anges inom parentes). Reaktiviteten hos det kromogena substratet S-2238™ med enzymerna FXa, FXIa, APC, plasmin, enkelkedjigt t-PA, plasmakallikrein och C1s har sedan relaterats till reaktiviteten hos det kromogena substratet S-2238™ med trombin och visat sig vara 5, 5, 40, 5, 5, 5, 5, 60 respektive 2 %.