Det har funnits flera South Atlantic League-klubbar i basebollens historia, som sträcker sig från 1904 till i dag med några få avbrott. Ligan var igång från 1904 till 1917 som en klass C liga, och startade sedan upp igen 1919, också då i klass C. Den här gången var den igång från 1919 till 1930, och flyttade upp till klass B från och med 1921. William G. Bramham blev ligans ordförande i mitten av 1924 och tjänstgjorde fram till 1930. Ligan startades på nytt igen som klass B 1936-1942, lades ner till följd av andra världskriget och återkom 1946 som en klass A liga. AA Southern Association (som aldrig integrerades) dog efter säsongen 1961 och SAL befordrades därför till AA 1963 för att ta dess plats; ett år senare ändrades namnet till Southern League. Av de 51 säsongerna med verksamhet deltog Augusta, Georgia i 46, Macon, Georgia var med i 46 och Columbia, South Carolina i 45. Charleston, South Carolina, Jacksonville, Florida, Savannah, Georgia och Columbus, Georgia tävlade också i minst 29 år vardera, vilket ger en relativt stabil uppställning.
Namnet South Atlantic League gick oanvänt i 16 år, men 1980 återinförde Western Carolinas League namnet när man försökte ändra sin identitet. I nästan 60 år, från 1948 till 2007, var den dominerande figuren i WCL/SAL ligans grundare och ordförande John Henry Moss, som startade WCL som ung man 1948, grundade om den 1960 och sedan ledde den in i det nya århundradet. Moss gick i pension i slutet av säsongen 2007 i South Atlantic League. Han avled 90 år gammal den 1 juli 2009 i Kings Mountain, North Carolina – en stad där han också hade varit borgmästare i 23 år.
Under 2005 hade SAL den högsta publiksiffran på 101 år med över 3 541 992 fans (samtidigt som minor league baseball satte ett andra rekord i rad med 41 333 279 besökare). För närvarande har ligan 14 lag, uppdelade i två divisioner med sju klubbar.
Starten av säsongen 2020 sköts upp på grund av COVID-19-pandemin innan den slutligen ställdes in den 30 juni. I slutet av 2020 tvingade Major League Basebols omstrukturering av minor league-systemet fram massiva omvälvningar på klass A- och High-A-nivåerna. Av de fjorton lag som skulle ha spelat SAL-säsongen 2020 befordrades sex till High-A och skulle delta i den nya High-A East, fem stannade kvar i Low-A, men anslöt sig till den nya Low-A East, och tre tvingades helt och hållet ut ur den anslutna basebollen. Hagerstown Suns uppges ha lagts ned och West Virginia Power och Lexington Legends anslöt sig båda till Atlantic League of Professional Baseball, en partnerliga till Major League Baseball.