Commensal mikroflora (normal mikroflora, Inhemsk mikrobiota) består av de mikroorganismer som finns på kroppsytor som är täckta av epitelceller och som är exponerade för den yttre miljön (mag-tarmkanalen och luftvägarna, vagina, hud osv.). Antalet bakterier som koloniserar slemhinne- och hudytor överstiger antalet celler som utgör människokroppen. Kommensala bakterier har utvecklats tillsammans med sina värdar, men under särskilda förhållanden kan de övervinna värdens skyddande reaktioner och utöva patologiska effekter. De bakterier som bor där bildar komplexa ekosystem med en enorm mångfald. Den mest rikliga mikrofloran finns i de distala delarna av tarmen; majoriteten av tarmbakterierna är gramnegativa anaeroba bakterier. Mer än 50 % av tarmbakterierna kan inte odlas med konventionella mikrobiologiska metoder. Molekylärbiologiska metoder hjälper till att analysera mikroflorans strukturella och funktionella komplexitet och att identifiera dess komponenter. Den bofasta mikrofloran innehåller ett antal komponenter som kan aktivera den medfödda och adaptiva immuniteten. Obegränsad immunaktivering som svar på signaler från kommensala bakterier kan innebära en risk för inflammation. Immunreaktioner på slemhinnans mikrobiota kräver därför en exakt reglering. Det mukosala immunsystemet har utvecklat specialiserade reglerande, antiinflammatoriska mekanismer för att eliminera eller tolerera ofarliga, livsmedels- och luftburna antigener och kommensala mikroorganismer (oral, mukosal tolerans). Samtidigt måste dock slemhinnans immunförsvar tillhandahålla lokala försvarsmekanismer mot miljöhot (t.ex. invaderande patogener). Detta viktiga krav uppfylls av flera mekanismer för slemhinneimmunitet: starkt utvecklade medfödda försvarsmekanismer som säkerställer att slemhinnebarriären fungerar korrekt, förekomsten av unika typer av lymfocyter och deras produkter, transport av polymera immunglobuliner genom epitelceller till sekret (sIgA) samt migration och homing av celler med ursprung i slemhinnans organiserade vävnader i slemhinnor och exokrina körtlar.
Den viktiga roll som kommensala bakterier spelar för utvecklingen av ett optimalt fungerande immunsystem i slemhinnan har påvisats hos bakteriefria djur (med hjälp av gnotobiologiska tekniker). Man har nyligen föreslagit att den kommensala mikrofloran och dess komponenter med starka immunaktiverande egenskaper (t.ex. LPS, peptidoglykaner, superantigener, bakteriellt DNA, Hsp) ska spela en roll i den etiopatogenetiska mekanismen för olika komplexa, multifaktoriella och multigena sjukdomar, inklusive inflammatoriska tarmsjukdomar, parodontal sjukdom, reumatoid artrit, ateroskleros, allergi, multiorgansvikt och koloncancer. Djurmodeller av mänskliga sjukdomar som föds upp under definierade gnotobiotiska förhållanden bidrar till att klarlägga etiologin bakom dessa vanliga sjukdomar. En förbättrad förståelse av interaktionen mellan kommensala bakterier och värd med hjälp av bakteriefria djurmodeller med selektiva koloniseringsstrategier i kombination med moderna molekylära tekniker skulle kunna ge nya insikter i mekanismerna för slemhinneimmunitet och även i patogenetiska mekanismer för flera infektiösa, inflammatoriska, autoimmuna och neoplastiska sjukdomar. Reglering av mikroflorans sammansättning (t.ex. genom probiotika och prebiotika) ger möjlighet att påverka utvecklingen av mukosal och systemisk immunitet, men kan också spela en roll i förebyggande och behandling av vissa sjukdomar.