Området där reservoaren är belägen var en del av Rancho Janal och köptes av E. S. Babcock. Lower Otay Reservoir skapades ursprungligen 1897 efter att Lower Otay Dam byggts av Southern California Mountain Water Company. Den ursprungliga dammen var av stenfyllningstyp och var 38 meter hög. År 1900 köpte John D. Spreckels marken runt reservoaren, och reservoaren förvärvades senare av ett företag som ägdes av Spreckles. Vid sjön fanns en jaktstuga som utnyttjades av gästerna på Hotel del Coronado.
Den ursprungliga dammen gav vika i januari 1916 efter kraftiga regn som drabbade större delen av södra Kalifornien och som översvämmade Otay-dalen med en vattenvägg som var mellan 6,1 och 30,5 meter hög under händelsen, vilket ledde till att mer än 14 personer omkom. Översvämningen svepte med sig hela gårdar och byggnader, inklusive Montgomerys residens i Fruitland nära flodens mynning, där John J. Montgomery hade byggt sin första serie av bemannade segelflygplan. Regnet var förmodligen ett verk av ”regnmakaren” Charles Hatfield, som hade anlitats av staden San Diego för att hjälpa till att öka nederbörden för att fylla den närliggande Morena Reservoir. Han anklagades aldrig för några brott. Efter detta byggdes den nuvarande Arch-gravity-dammen. År 1934 fick den sitt namn för att hedra Hiram Newton Savage, stadens ingenjör som övervakade byggandet.
År 1936 köpte Stephen Birch marken runt reservoaren, som hade varit Rancho Otay. Hans dotter Mary ärvde marken och efter att ha gift sig med en före detta befälhavare i Royal Air Force flyttade hon in i den tidigare jaktstugan på Upper Otay Lake, Rancho del Otay.
Ett Curtiss SB2C Helldiver-flygplan sågs i sjön i februari 2009 av en abborrfiskare. Den 28 maj 1945 hade det befunnit sig på en övningsbombning från ett närliggande hangarfartyg när en motorstopp tvingade fram en nödlandning i reservoaren. Dykare undersökte planet den 23 juli 2009 för att se om det kunde räddas för att visas på museum, och det lyftes upp den 20 augusti 2010.