Typer av patogenes inkluderar mikrobiell infektion, inflammation, malignitet och vävnadsnedbrytning. Till exempel är bakteriell patogenes den mekanism genom vilken bakterier orsakar infektionssjukdomar.
De flesta sjukdomar orsakas av flera processer. Vissa cancerformer uppstår till exempel på grund av dysfunktion i immunsystemet (hudtumörer och lymfom efter en njurtransplantation, som kräver immunosuppression).
De patogena mekanismerna för en sjukdom (eller ett tillstånd) sätts i rörelse av underliggande etiologiska orsaker som, om de kontrolleras, skulle göra det möjligt att förebygga sjukdomen. Ofta identifieras en potentiell etiologi genom epidemiologiska observationer innan en patologisk koppling kan dras mellan orsaken och sjukdomen. Det patologiska perspektivet kan integreras direkt i ett epidemiologiskt tillvägagångssätt inom det tvärvetenskapliga området molekylär patologisk epidemiologi (MPE). MPE kan bidra till att bedöma patogenes och kausalitet genom att koppla en potentiell etiologisk faktor till molekylärpatologiska signaturer av en sjukdom.