Världens första dokumenterade frihandelszon inrättades på den grekiska ön Delos 166 f.Kr. Den varade fram till omkring 69 f.Kr. då ön överrannsakades av pirater. Romarna hade många civitas libera, eller fria städer, varav vissa kunde prägla pengar, upprätta egna lagar och inte betala en årlig tribut till den romerske kejsaren. Dessa fortsatte åtminstone under det första årtusendet e.Kr. På 1100-talet började Hanseförbundet verka i norra Europa och upprättade handelskolonier i hela Europa. Dessa frihandelszoner omfattade bland annat Hamburg och Steelyard i London. Steelyard, liksom andra Hansastationer, var ett separat muromgärdat samhälle med egna lagerlokaler, vägningshus, kapell, räknehus och bostadskvarter. År 1988 upptäckte arkeologer rester av det före detta Hansahuset, som en gång var det största medeltida handelskomplexet i Storbritannien, i samband med underhållsarbete på Cannon Street Station. Shannon, Irland (Shannon Free Zone), som inrättades 1959, har gjort anspråk på att vara det första ”moderna” frihandelsområdet. Shannonzonen startades för att hjälpa stadens flygplats att anpassa sig till en radikal förändring av flygplanstekniken som gjorde det möjligt för flygplan med längre räckvidd att hoppa över tidigare nödvändiga tankningsstopp i Shannon. Det var ett försök av den irländska regeringen att upprätthålla sysselsättningen kring flygplatsen så att flygplatsen skulle fortsätta att generera intäkter till den irländska ekonomin. Det var enormt framgångsrikt och är fortfarande i drift idag. Andra frizoner att notera är Kandla Free Zone i Indien, som startade omkring 1960, och Kaohsiung Export Processing Zone i Taiwan, som startade 1967. Antalet frihandelszoner i världen ökade kraftigt i slutet av 1900-talet.
Företag som etablerar sig i en zon kan få ett antal rättsliga och skattemässiga incitament, t.ex. rätt att etablera en verksamhet, rätt att tullfritt importera delar och utrustning, rätt att behålla och använda inkomster i utländsk valuta och ibland skattelättnader för inkomst- eller fastighetsskatt. Det kan också finnas andra incitament som rör metoderna för tullkontroll och krav på inlämning av handlingar. Syftet är att zonerna ska locka till sig investeringar, skapa sysselsättning och på så sätt minska fattigdom och arbetslöshet och stimulera områdets ekonomi. Dessa zoner används ofta av multinationella företag för att inrätta fabriker för att producera varor (t.ex. kläder, skor och elektronik).
Frihandelszoner bör skiljas från frihandelsområden. En frihandelszon etableras normalt i ett enda land, även om det finns några få undantag där en frihandelszon kan överskrida en nationell gräns, t.ex. den syrisk/jordaniska frihandelszonen. Frihandelsområden inrättas mellan länder, till exempel Latinamerikanska frihandelssammanslutningen (LAFTA) som inrättades genom Montevideofördraget 1960 av Argentina, Brasilien, Chile, Mexiko, Paraguay, Peru och Uruguay, och det nordamerikanska frihandelsavtalet som upprättades mellan Mexiko, Förenta staterna och Kanada. I frihandelsområden sänks tullarna endast mellan medlemsländerna. De bör också skiljas från tullunioner, som den tidigare Europeiska ekonomiska gemenskapen, där flera länder kommer överens om att förenhetliga tullbestämmelserna och avskaffa tullen mellan unionsmedlemmarna.
Frihandelszoner har på senare tid också kallats för särskilda ekonomiska zoner i vissa länder. Särskilda ekonomiska zoner (SEZ) har inrättats i många länder som testområden för genomförandet av liberala marknadsekonomiska principer. De särskilda ekonomiska zonerna betraktas som instrument för att öka acceptansen och trovärdigheten för omvandlingspolitiken och för att locka till sig inhemska och utländska investeringar. Ändringen av terminologin har drivits fram av bildandet av Världshandelsorganisationen (WTO), som förbjuder medlemmarna att erbjuda vissa typer av skattemässiga incitament för att främja varuexport, vilket är anledningen till att termen Export Processing Zone (EPZ) inte längre används för nyare zoner. Indien omvandlade till exempel alla sina EPZ till SEZ år 2000.
1999 arbetade 43 miljoner människor i cirka 3 000 frihandelszoner i 116 länder som tillverkade kläder, skor, gymnastikskor, elektronik och leksaker. De grundläggande målen för ekonomiska zoner är att öka inkomsterna i utländsk valuta, utveckla exportorienterade industrier och skapa sysselsättningsmöjligheter.