Att USA 1898 störtade den spanska auktoriteten fick filippinerna att tro att landets självständighet, som proklamerades den 12 juni 1898, var garanterad. En nationell flagga som var helt annorlunda än de revolutionära fanor som användes några år tidigare antogs. I hissen fanns en vit triangel, som symboliserade frihet och troligen härstammade från frimurarnas symbolik. Den bar en gyllene sol och tre gyllene stjärnor, som stod för de tre huvudområdena i Filippinerna – ögruppen Luzon i norr, ögruppen Visayan i söder och huvudön Mindanao i söder. De åtta solstrålarna stod för de provinser där den ursprungliga antispanska revolten hade brutit ut. Resten av flaggan bestod av horisontella ränder i blått (för viljan att offra sig själv för friheten) över rött (för mod).
Den första republiken förtrycktes slutligen av USA, och dess flagga förbjöds mellan 1907 och 1920. År 1936 antog det nya samväldet Filippinerna den flaggan i väntan på ett eventuellt oberoende. Under den japanska ockupationen förbjöds först den filippinska flaggan och erkändes sedan officiellt den 14 oktober 1943, då den japanskkontrollerade andra republiken utropades. Filippinare som motsatte sig det japanska styret visade upp flaggan med den blåa randen nedåt och den röda randen uppåt (dvs. de hissade flaggan upp och ner). Slutligen beviljade Förenta staterna Filippinerna självständighet den 4 juli 1946, under 1898 års flagga. År 1985 ändrade president Ferdinand Marcos den blå nyansen från mörk till ljus i tron att republikens tidigaste flaggor hade haft ljusblått. Hans efterträdare, Corazon Aquino, återkallade ändringen, men den 16 september 1997, inför den ursprungliga filippinska flaggans hundraårsjubileum, ändrades återigen den översta randen, från mörk marinblått till ljusare kungablått.