1796-1802Edit
Kriget var skadligt för Spanien och för den spanska kronans inkomster, eftersom den brittiska blockaden kraftigt minskade mängden rikedomar som kom från kolonierna. En spansk huvudflotta, under Jose de Cordoba y Ramos, hade dock 27 linjeskepp och planerade att förbinda sig med fransmännen och skydda kistor med värdefulla varor. Den brittiska Medelhavsflottan hade 15 linjeskepp och var kraftigt underlägsen de fransk-spanska hoten, vilket tvingade fram en reträtt från Korsika och Elba 1797. Den spanska flottan visade sig dock vara oförmögen att samordna sig med sina franska republikanska allierade och besegrades svårt i slaget vid Cape St Vincent. Detta lämnade Spanien i en ofördelaktig position till sjöss under resten av kriget, även om de slog tillbaka två brittiska anfall på Cádiz och Teneriffa och en senare brittisk expedition till Ferrol.
1804-1808Edit
Amiensfördraget från 1802 föreskrev en tillfällig vapenvila i fientligheterna, som dock bröts 1804 när brittiska fartyg överraskande och utan krigsförklaring attackerade en spansk eskader av fregatter som fraktade guld- och silvertackor till Cádiz. Den spanska fregatten Nuestra Señora de las Mercedes sprängdes och de andra togs till fånga av britterna.
Franskmännen planerade en invasion av Storbritannien under det kommande året; den spanska flottan skulle vara en integrerad del i att bistå denna invasion. Vid slaget vid Trafalgar 1805 blev en kombinerad fransk-spansk flotta, som försökte förena sig med de franska flottorna i norr för invasionen, attackerad av en brittisk flotta och förlorade i en avgörande strid. Den brittiska segern gjorde slut på det omedelbara hotet om en invasion av Storbritannien från Napoleons sida. Den skakade också allvarligt om beslutsamheten hos den impopulära Godoy-ledda spanska regeringen, som började tvivla på nyttan av sin osäkra allians med Napoleon. Samtidigt misslyckades ett brittiskt fälttåg (1806-1807) för att erövra den strategiskt viktiga Rio de la Plata-regionen i det spanska Sydamerika.
Godoy drog sig ur det kontinentala system som Napoleon hade utarbetat för att bekämpa Storbritannien, men anslöt sig till det igen 1807, efter att Napoleon hade besegrat preussarna. Napoleon hade dock förlorat sitt förtroende för Godoy och den spanske kungen Karl IV. Det fanns också ett växande stöd i Spanien för kungens son Ferdinand, som motsatte sig den allmänt föraktade Godoy. Ferdinand föredrog dock en allians med Storbritannien, och Napoleon hade alltid tvivlat på trovärdigheten hos alla bourboniska kungligheter.