Parental Imprinting
Ett annat exempel på epigenetiskt arv, som upptäcktes för cirka 10 år sedan hos däggdjur, är föräldrarnas prägling. Vid parental imprinting har vissa autosomala gener till synes ovanliga arvsmönster. Exempelvis uttrycks Igf2-genen hos musen endast om den ärvts från musens far. Den sägs vara maternellt präglad, eftersom en kopia av genen som härstammar från modern är inaktiv. Omvänt uttrycks H19-genen i musen endast om den ärvts från modern; H19 är faderspräglad. Konsekvensen av föräldrarnas prägling är att präglade gener uttrycks som om de vore hemizygota, trots att det finns två kopior av var och en av dessa autosomala gener i varje cell. När dessa gener undersöks på molekylär nivå observeras dessutom inga förändringar i deras DNA-sekvenser. De enda förändringar som ses är extra metylgrupper (-CH3) som finns på vissa baser i de präglade genernas DNA. Enstaka baser i DNA hos de flesta högre organismer är metylerade (ett undantag är Drosophila). Dessa metylgrupper läggs till och avlägsnas enzymatiskt genom att särskilda metylaser och demetylaser verkar. Metyleringsnivån korrelerar i allmänhet med genens transkriptionstillstånd: aktiva gener är mindre metylerade än inaktiva gener. Man vet dock inte om förändrade nivåer av DNA-metylering orsakar epigenetiska förändringar i genaktiviteten eller om förändrade metyleringsnivåer uppstår som en följd av sådana förändringar.
Vad har dessa exempel på epigenetisk nedärvning gemensamt? Den huvudsakliga tråden är att en del av en kromosom på något sätt kan betecknas som annorlunda på grundval av dess härstamning eller vilka andra gener som fanns i samma genom. I många av dessa exempel har skillnader i DNA-metylering förknippats med skillnader i genaktivitet. De underliggande mekanismerna och förklaringarna till varför sådana system har utvecklats verkar dock fortfarande ganska mystiska.