Ärtminering orsakar skador på växter både direkt och indirekt. Den mest direkta skadan orsakas av att larverna gräver i bladvävnaden, vilket leder till uttorkning, för tidigt bladfall och kosmetiska skador. I tropiska och subtropiska områden kan detta leda till brännskador på frukter som tomat och melon. Förlusten av blad minskar också skörden. Hos fullvuxna plantor av fruktbärande grönsaksgrödor kan dock en avsevärd mängd blad skadas innan skörden påverkas.
Storleken på en bladtunnel beror på bladets utvecklingsstadium, arten av värdväxt och arten av minrare. De äldre larverna gör bredare tunnlar. Ätfläckar som görs av vuxna honor kan också minska avkastningen, även om detta, med undantag för prydnadsgrödor, vanligtvis är av mindre betydelse. Fröplantor och unga plantor kan förstöras helt och hållet till följd av de direkta skador som orsakas av minerväxter.
Indirekta skador uppstår när sjukdomsalstrande svampar eller bakterier tar sig in i växtvävnaden via födosöksplatserna. Minorna från ärtmineringen (Liriomyza huidobrensis) löper ofta längs mittnerverna och sidnerverna men kan också löpa oregelbundet över bladet. När flera minor dyker upp på ett blad kan en stor ”tallriksgruva” bildas. Dessa är oftast belägna vid bladets bas.