Primul YMCA din Fort Wayne a fost organizat în 1858. Întâlnirile au avut loc în Dietrick’s Mercantile Institute, situat la colțul străzilor Main și Calhoun. Isaac Jenkinson a fost primul președinte al YMCA din Fort Wayne, activând între 1858-1860. Programele constau în întregime din întâlniri săptămânale de natură religioasă, literară și socială.
YMCA Railroad Association și-a deschis porțile la 1 iulie 1884. Era situată la colțul străzilor Calhoun și Holman. Railroad YMCA a oferit camere de dormit, băi calde și servicii de Sabat pentru feroviari. Cotizația la Railroad YMCA era de 25 de cenți pe lună și îi dădea dreptul membrului la toate privilegiile asociației cu 1 prieten. Clădirea includea o sală mare de lectură, o sală de distracții dotată cu șah și dame și 2 saloane mari care erau folosite pentru recepții și conferințe. Exista, de asemenea, o sală de chirurgie pentru primul ajutor și facilități complete de baie.
La 13 septembrie 1889 au fost adoptate noi articole de constituire și o nouă constituție. Numele a fost schimbat în „Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Acest Y avea servicii de cântece duminicale, facilități complete de baie, bibliotecă și săli de lectură, o sală de gimnastică și o sală de bowling. Această clădire s-a închis în 1897.
În perioada 1896-1916 nu a existat o YMCA permanentă în Fort Wayne. Când populația orașului a ajuns la 75.000 de persoane, diverși oameni de afaceri și lideri civici au considerat că Fort Wayne ar trebui să aibă o YMCA permanentă. În 1913, cea de-a 44-a Convenție anuală de stat a tuturor asociațiilor a avut loc la Fort Wayne. Ca urmare a acestei convenții, un grup inspirat de oameni de afaceri proeminenți a comentat în mod oficial despre un program de construcție de 300.000 de dolari și a inițiat campania de strângere de fonduri. Aceasta a fost prima campanie generală de strângere de fonduri inițiată vreodată în Fort Wayne.
Prima piatră de temelie pentru Central YMCA a fost pusă pe 12 mai 1918, în cadrul unei ceremonii la colțul dintre Barr Street și Washington Street. Slujba de inaugurare a avut loc la 17 decembrie 1919, iar Railroad YMCA s-a mutat în Central Branch YMCA. S.B. Bechtol a fost ales președinte și a servit până în 1922. Central Branch YMCA a fost prima clădire dedicată exclusiv activității YMCA.
În 1920 a fost fondată Fort Wayne YMCA Boys Camp. Louis Schwan, secretarul YMCA, a dus un grup de băieți la Lacul Wawasee pentru un program de camping. Grupul s-a întors la Lake Wawasee în 1921 și 1922. În 1923, tabăra a fost mutată la Hemlock Lake, lângă Redding Michigan.
La 25 noiembrie 1924, Fort Wayne YMCA a cumpărat 14 acri pe Blackman Lake pentru a înființa o tabără numai pentru băieți numită Camp Potawotami. Prima vară de camping a fost în 1925. Existau 8 cabane, fiecare cu o capacitate de 8 paturi suprapuse. Arrowhead Lodge a fost construită în 1931 și încă găzduiește bucătăria și sala de mese a taberei.
În 1929, asociația a sărbătorit cea de-a 10-a aniversare de la marea deschidere a Central Branch YMCA cu adăugarea East Side YMCA la colțul străzilor Eliza și McCullock.
YMCA Kiwanis Westside a fost fondată la 6 iulie 1934 și inaugurată la 26 noiembrie 1934; acest Y a fost deschis prin cooperarea Clubului Kiwanis și a Central YMCA. Acesta a fost situat pe strada Culbertson. Inițial a servit în principal băieții din zonă, dar în 1942 programele sale au fost extinse pentru a servi și familiile, femeile și fetele.
YMCA Old Fort a fost înființată în 1956, cu sediul pe Bowser Avenue. În 1957, birourile Old Fort YMCA s-au mutat pe East Creighton Avenue. Old Fort YMCA a fost dizolvată în Central Branch și a funcționat acolo până la inaugurarea în 1974 a noii locații de pe Reed Street.
În 1965 s-a deschis Southeast Family YMCA. Inițial ar fi trebuit să fie o filială YMCA/YWCA. 17 acri de teren au fost donați de domnul & doamna Lisle Hodell, care mai târziu a fost numit Hodell Acres.
La Whitley County Family YMCA a fost înființată ca filială a YMCA din Greater Fort Wayne în 1993. În 2005, Whitley YMCA a fost renovată pentru a include o nouă sală de fitness, un studio de dans și aerobic și un centru de recreere pentru tineri.
În 1994, Programul alternativ al instanțelor de judecată pentru infractori cu statut (SOCAP) a fost dezvoltat de către Biroul de servicii pentru tineret. Centrul de îngrijire a copiilor de vârstă școlară s-a mutat în primul său an complet de deservire a peste 700 de copii pe zi în cadrul programelor Before și After School în 1996.
Jorgensen Family YMCA s-a deschis în septembrie 1998. Locația lor inițială a fost pe Homestead Road și apoi s-a mutat în locația actuală de pe Aboite Center Road.
În 2001 se deschide Parkview Family YMCA și apoi are loc o renovare în 2004 pentru a putea găzdui toți membrii lor.