Pierwsza YMCA w Fort Wayne została zorganizowana w 1858 roku. Spotkania odbywały się w Dietrick’s Mercantile Institute na rogu ulic Main i Calhoun. Isaac Jenkinson był pierwszym prezesem YMCA w Fort Wayne w latach 1858-1860. Program YMCA składał się w całości z cotygodniowych spotkań o charakterze religijnym, literackim i społecznym.
Railroad Association YMCA otworzyła swoje podwoje 1 lipca 1884 roku. Mieściła się ona na rogu ulic Calhoun i Holman. Railroad YMCA zapewniała kolejarzom miejsca do spania, gorące kąpiele i usługi szabatowe. Składki do Railroad YMCA wynosiły 25 centów miesięcznie i uprawniały członka do wszystkich przywilejów stowarzyszenia wraz z 1 przyjacielem. W budynku znajdowała się duża czytelnia, sala rozrywkowa wyposażona w szachy i warcaby, oraz dwa duże salony, w których odbywały się przyjęcia i wykłady. Był tam również pokój chirurgiczny dla pierwszej pomocy i kompletne wyposażenie łaźni.
W dniu 13 września 1889 roku przyjęto nowe Statuty Stowarzyszenia i nową Konstytucję. Nazwa została zmieniona na „Fort Wayne Young Men’s Christian Association”. Ten Y miał niedzielne usługi śpiewu, kompletne wyposażenie łaźni, bibliotekę i czytelnie, salę gimnastyczną i kręgielnię. Budynek ten został zamknięty w 1897 roku.
W latach 1896-1916 nie było stałej YMCA w Fort Wayne. Kiedy populacja miasta osiągnęła 75.000 mieszkańców, różni biznesmeni i przywódcy społeczni uznali, że Fort Wayne powinno mieć stałą YMCA. W 1913 r. w Fort Wayne odbyła się 44. doroczna konwencja stanowa wszystkich stowarzyszeń. W wyniku tej konwencji zainspirowana grupa prominentnych biznesmenów wypowiedziała się na temat programu budowlanego o wartości 300.000 dolarów i zainicjowała akcję zbierania funduszy. Była to pierwsza kampania zbierania funduszy w Fort Wayne.
Kamień węgielny pod budowę Centralnej YMCA został położony 12 maja 1918 roku podczas ceremonii na rogu ulic Barr Street i Washington Street. Nabożeństwo poświęcenia odbyło się 17 grudnia 1919 roku, a Kolejowa YMCA przeniosła się do Centralnego Oddziału YMCA. S.B. Bechtol został wybrany na prezydenta i pełnił tę funkcję do 1922 roku. Centralny Oddział YMCA był pierwszym budynkiem poświęconym wyłącznie pracy YMCA.
Obóz dla chłopców Fort Wayne YMCA został założony w 1920 roku. Louis Schwan, sekretarz YMCA, zabrał grupę chłopców do jeziora Wawasee na program obozowy. Grupa powróciła do jeziora Wawasee w 1921 i 1922 roku. W 1923 roku obóz został przeniesiony do Hemlock Lake w pobliżu Redding Michigan.
25 listopada 1924 roku Fort Wayne YMCA zakupiła 14 akrów nad jeziorem Blackman, aby założyć obóz dla chłopców o nazwie Camp Potawotami. Pierwsze lato na obozie odbyło się w 1925 roku. Było 8 domków, każdy o pojemności 8 koi. Arrowhead Lodge został zbudowany w 1931 roku i nadal mieści się w nim kuchnia i jadalnia obozu.
W 1929 roku stowarzyszenie obchodziło 10 rocznicę wielkiego otwarcia Central Branch YMCA z dodatkiem East Side YMCA na rogu ulic Eliza i McCullock.
The Kiwanis Westside YMCA została założona 6 lipca 1934 roku i poświęcona 26 listopada 1934 roku; ten Y został otwarty dzięki współpracy Kiwanis Club i Central YMCA. Mieściła się ona przy ulicy Culbertson. Początkowo służyła głównie chłopcom z okolicy, ale w 1942 roku jej programy zostały rozszerzone, aby służyć rodzinom, kobietom i dziewczętom również.
The Old Fort YMCA została założona w 1956 roku z siedzibą przy Bowser Avenue. W 1957 roku biura Old Fort YMCA przeniósł się do East Creighton Avenue. The Old Fort YMCA została rozwiązana w Central Branch i działała tam aż do poświęcenia w 1974 roku nowej lokalizacji na Reed Street.
W 1965 roku otwarto Southeast Family YMCA. Pierwotnie miał to być oddział YMCA/YWCA. 17 akrów ziemi zostało podarowane przez pana & Pani Lisle Hodell, który został później nazwany Hodell Acres.
The Whitley County Family YMCA został zarejestrowany jako oddział YMCA z Greater Fort Wayne w 1993 roku. W 2005 roku Whitley YMCA została odrestaurowana w celu włączenia nowego obiektu fitness, studia tańca i aerobiku oraz centrum rekreacji młodzieżowej.
W 1994 roku program Status Offender Court Alternatives Program (SOCAP) został opracowany przez Youth Service Bureau. Opieka nad dziećmi w wieku szkolnym rozpoczęła swój pierwszy pełny rok obsługi ponad 700 dzieci dziennie w programach przed i po szkolnych w 1996 roku.
Jorgensen Family YMCA została otwarta we wrześniu 1998 roku. Ich pierwotna lokalizacja była na Homestead Road, a następnie przeniósł się do bieżącej lokalizacji na Aboite Center Road.
W 2001 roku Parkview Family YMCA otwiera, a następnie ma remont w 2004 roku, aby pomieścić wszystkich swoich członków.
.