Er zijn nog steeds tempels gewijd aan Mut in het huidige Egypte en Soedan, waaruit de wijdverbreide verering van haar blijkt. Het centrum van haar cultus in Soedan werd de Mut Tempel van Jebel Barkal en in Egypte de tempel in Karnak. In die tempel stond het beeld dat werd beschouwd als de belichaming van haar echte ka. Haar devoties omvatten dagelijkse rituelen door de farao en haar priesteressen. Reliëfs in het interieur beelden taferelen van de priesteressen uit, thans het enig bekende overgebleven voorbeeld van een eredienst in het oude Egypte die uitsluitend door vrouwen werd geleid.
Gewoonlijk diende de koningin als hoofdpriesteres bij de tempelrituelen. De farao nam ook deel en zou na zijn dood een godheid worden. In het geval dat de farao een vrouw was, blijkt uit verslagen van één voorbeeld dat zij haar dochter als hogepriesteres in haar plaats liet dienen. Vaak dienden priesters in het bestuur van tempels en orakels waar priesteressen de traditionele religieuze rituelen uitvoerden. Deze rituelen bestonden onder meer uit muziek en drank.
De farao Hatsjepsoet liet tijdens haar heerschappij in de Achttiende Dynastie de oude tempel voor Mut te Karnak herbouwen. Eerdere opgravers hadden gedacht dat Amenhotep III de tempel had laten bouwen vanwege de honderden beelden van Sekhmet die er werden gevonden en die zijn naam droegen. Hatsjepsoet echter, die een enorm aantal tempels en openbare gebouwen voltooide, had het werk vijfenzeventig jaar eerder voltooid. Zij begon met de gewoonte om Mut af te beelden met de kroon van zowel Opper- als Neder-Egypte. Men denkt dat Amenhotep III de meeste tekenen van Hatsjepsoet heeft verwijderd, terwijl hij de eer opeiste voor de projecten die zij had gebouwd.
Hatsjepsoet was een farao die Mut weer op de voorgrond bracht in het Egyptische pantheon, waarbij hij zich sterk met de godin identificeerde. Zij verklaarde dat zij een afstammelinge was van Mut. Ze associeerde zich ook met het beeld van Sekhmet, als het agressievere aspect van de godin, omdat ze in het begin van haar bewind als farao een zeer succesvol krijger was.
Later in dezelfde dynastie onderdrukte Achnaton de verering van Mut en de andere godheden toen hij de monotheïstische verering van zijn zonnegod Aton bevorderde. Toetanchamon hervatte later haar verering en zijn opvolgers bleven zich daarna met Mut associëren.
Ramesses II voegde tijdens de negentiende dynastie meer werk toe aan de Mut-tempel en herbouwde een eerdere tempel in hetzelfde gebied, die hij opnieuw wijdde aan Amun en zichzelf. Hij plaatste hem zo dat de mensen zijn tempel moesten passeren op weg naar die van Mut.
Koesjitische farao’s breidden de Mut tempel uit en veranderden de Ramesses tempel voor gebruik als het heiligdom van de gevierde geboorte van Amun en Khonsu, waarmee zij zichzelf probeerden te integreren in de goddelijke opvolging. Zij installeerden ook hun eigen priesteressen in de gelederen van de priesteressen die de tempel van Mut bedienden.
De Griekse Ptolemaeïsche dynastie voegde ook haar eigen versieringen en priesteressen aan de tempel toe en gebruikte het gezag van Mut om hun eigen belangen te benadrukken.
Later herbouwde de Romeinse keizer Tiberius de plaats na een zware overstroming en zijn opvolgers ondersteunden de tempel totdat deze in onbruik raakte, ergens rond de derde eeuw na Christus. Latere Romeinse ambtenaren gebruikten de stenen van de tempel voor hun eigen bouwprojecten, vaak zonder de beelden die erin waren gegraveerd te veranderen.