De detectie van het HIV-1 provirus dat in de kern van een gastheercel kan integreren en jarenlang latent kan blijven, is problematisch. De drempel van in situ hybridisatie, die ongeveer 10 kopieën per cel bedraagt, is te hoog om één geïntegreerde kopie van het provirus te detecteren. Hoewel met polymerase-kettingreactie (PCR) 1 provirus per 100.000 cellen kan worden opgespoord, kan hiermee niet de specifieke cellulaire lokalisatie van het virus worden bepaald. Deze problemen kunnen worden opgelost met PCR in situ hybridisatie. Door deze methode aan te passen voor RNA-detectie (reverse transcriptase in situ PCR) kan worden bepaald of een virale infectie latent of productief is en kan de gastheerrespons in de vorm van cytokine-mRNA-expressie worden gedetecteerd. Deze methoden hebben aangetoond dat (1) er een massale infectie van CD4-cellen door HIV-1 plaatsvindt voordat er sprake is van de voor AIDS kenmerkende symptomatologie, (2) de progressie van AIDS wordt gemarkeerd door de progressieve vernietiging van CD4-cellen, zoals blijkt uit een toegenomen verhouding van produktief tot latent geïnfecteerde cellen, (3) het voornaamste doelwit van het virus in de baarmoederhals, de longen, het centrale zenuwstelsel en de skeletspieren de macrofagen en hun derivaten zijn, en (4) AIDS-gerelateerde ziekten zoals AIDS-dementie worden gekenmerkt door zowel veel virus-geïnfecteerde cellen als een upregulatie van een grote verscheidenheid aan cytokines, voornamelijk in de naburige niet-geïnfecteerde cellen. Dit hoofdstuk beschrijft de methodologieën voor het detecteren van HIV-1 DNA en RNA in paraffine-embedded weefselsecties, alsmede de colabeling experimenten die nodig zijn om de gastheerrespons op de virale invasie te bepalen.