Ci sono templi dedicati a Mut ancora in piedi negli odierni Egitto e Sudan, riflettendo il diffuso culto di lei. Il centro del suo culto in Sudan divenne il Tempio di Mut di Jebel Barkal e in Egitto il tempio di Karnak. Questo tempio aveva la statua che era considerata un’incarnazione del suo vero ka. Le sue devozioni includevano rituali quotidiani del faraone e delle sue sacerdotesse. I rilievi interni raffigurano scene delle sacerdotesse, attualmente l’unico esempio rimasto noto di culto nell’antico Egitto che era amministrato esclusivamente da donne.
Di solito la regina serviva come sacerdotessa principale nei rituali del tempio. Anche il faraone partecipava e sarebbe diventato una divinità dopo la morte. Nel caso in cui il faraone fosse donna, le registrazioni di un esempio indicano che la figlia serviva come alta sacerdotessa al suo posto. Spesso i sacerdoti servivano nell’amministrazione dei templi e degli oracoli dove le sacerdotesse eseguivano i tradizionali riti religiosi. Questi riti includevano la musica e il bere.
Il faraone Hatshepsut fece ricostruire l’antico tempio di Mut a Karnak durante il suo governo nella XVIII dinastia. Gli scavatori precedenti avevano pensato che Amenhotep III avesse fatto costruire il tempio a causa delle centinaia di statue trovate lì di Sekhmet che portavano il suo nome. Tuttavia, Hatshepsut, che completò un numero enorme di templi ed edifici pubblici, aveva completato l’opera settantacinque anni prima. Lei iniziò l’usanza di raffigurare Mut con la corona sia dell’Alto che del Basso Egitto. Si pensa che Amenhotep III abbia rimosso la maggior parte dei segni di Hatshepsut, pur prendendosi il merito dei progetti che aveva costruito.
Hatshepsut fu un faraone che riportò Mut alla ribalta nel pantheon egizio, identificandosi fortemente con la dea. Dichiarò di essere una discendente di Mut. Si associò anche all’immagine di Sekhmet, come l’aspetto più aggressivo della dea, avendo servito come guerriera di grande successo durante la prima parte del suo regno come faraone.
Più tardi nella stessa dinastia, Akhenaton soppresse il culto di Mut così come le altre divinità quando promosse il culto monoteista del suo dio del sole, Aten. Tutankhamon in seguito ristabilì il suo culto e i suoi successori continuarono ad associarsi a Mut in seguito.
Ramesse II aggiunse altri lavori al tempio di Mut durante la diciannovesima dinastia, oltre a ricostruire un tempio precedente nella stessa area, ridedicandolo ad Amon e a se stesso. Lo collocò in modo che la gente dovesse passare davanti al suo tempio per recarsi a quello di Mut.
I faraoni kushiti ampliarono il tempio di Mut e modificarono il tempio di Ramesse per usarlo come santuario della celebrata nascita di Amon e Khonsu, cercando di integrarsi nella successione divina. Essi installarono anche le proprie sacerdotesse tra le file delle sacerdotesse che officiavano al tempio di Mut.
Anche la dinastia greca tolemaica aggiunse le proprie decorazioni e sacerdotesse al tempio e usò l’autorità di Mut per sottolineare i propri interessi.
In seguito, l’imperatore romano Tiberio ricostruì il sito dopo una grave inondazione e i suoi successori sostennero il tempio finché non cadde in disuso, intorno al terzo secolo dopo Cristo. Più tardi i funzionari romani usarono le pietre del tempio per i loro progetti di costruzione, spesso senza alterare le immagini scolpite su di esse.