HIV-1-proviruksen havaitseminen, joka voi integroitua isäntäsolun tumaan ja pysyä latenttina vuosia, on ongelmallista. In situ -hybridisaation kynnysarvo, joka on noin 10 kopiota solua kohti, on liian korkea yhden integroituneen proviruksen kopion havaitsemiseen. Vaikka polymeraasiketjureaktiolla (PCR) voidaan havaita yksi provirus 100 000 solua kohti, sillä ei voida määrittää viruksen spesifistä solupaikkaa. Nämä ongelmat voidaan ratkaista PCR-in situ -hybridisaatiolla. Sovittamalla tämä menetelmä RNA:n havaitsemiseen (käänteinen transkriptaasi in situ PCR) voidaan määrittää, onko virusinfektio latentti vai tuottava, sekä havaita isännän vaste sytokiinien mRNA-ekspression muodossa. Nämä menetelmät ovat osoittaneet, että (1) HIV-1 infektoi CD4-soluja massiivisesti ennen aidsia määrittelevää oireilua, (2) aidsin etenemiselle on tunnusomaista CD4-solujen asteittainen tuhoutuminen, mikä näkyy tuottavasti ja latentisti infektoituneiden solujen lisääntyneenä suhteena, (3) viruksen ensisijainen kohde kohdunkaulassa, keuhkoissa, keskushermostossa ja luurankolihaksissa on makrofagi ja sen johdannaiset, ja (4) AIDSiin liittyville sairauksille, kuten AIDS-dementialle, on ominaista sekä monet viruksen infektoimat solut että monenlaisten sytokiinien regulaatio, pääasiassa viereisissä ei-infektoituneissa soluissa. Tässä luvussa kuvataan menetelmät HIV-1-DNA:n ja -RNA:n havaitsemiseksi parafiiniin upotetuista kudosleikkeistä sekä värimerkintäkokeet, joita tarvitaan määriteltäessä isännän vastetta viruksen invaasioon.