El FFPE vs el tejido congelado será explorado en este artículo. La investigación médica sobre el cáncer y otras enfermedades requiere el acceso a herramientas y materiales únicos, incluyendo especímenes para estudiar. Por ejemplo, si se está examinando la forma y la estructura de las células (morfología), los estados de la enfermedad, la comunicación intra e intercelular, o temas relacionados, es increíblemente útil tener acceso a secciones fiables de tejido biopsiado. Dado que la mayoría de los materiales biológicos son frágiles y perecederos, hay que tener cuidado para asegurarse de que se preparan y conservan adecuadamente. Existen dos métodos principales de preparación de tejidos que se utilizan hoy en día. Durante décadas, los tejidos se han saturado con formalina (también conocida como formaldehído) y luego se han incrustado en un bloque de cera de parafina (lo que se conoce como tejido fijado en formalina e incrustado en parafina o FFPE). Con la llegada de los congeladores de temperatura ultrabaja fiables y los abundantes suministros de nitrógeno líquido, se ha hecho posible congelar los tejidos como segundo medio de almacenamiento a largo plazo. Cada uno de estos dos métodos presenta ventajas e inconvenientes. A continuación se comparan los puntos fuertes y débiles de estos dos métodos de conservación.
TejidosFFPE
Los tejidos fijados con formol e incluidos en parafina son las fuentes más comunes de material archivado. Los patólogos de los hospitales llevan décadas creando y archivando tejidos FFPE. Cada vez que estudian una biopsia tomada a un paciente, archivan parte de este material para su uso posterior, a veces para consultarlo u obtener una segunda opinión durante el tratamiento del paciente. Los investigadores también han conservado tejidos donados de seres humanos, o materiales recogidos de animales, para crear archivos de materiales para su posterior estudio. Estos archivos se denominan «biobancos» y pueden ser desarrollados por universidades y hospitales, o creados con fines comerciales por empresas que sirven a la comunidad investigadora. Estas actividades han permitido disponer de vastas colecciones de material para su posterior estudio. Dado que estos archivos se han creado a lo largo de mucho tiempo, pueden ofrecer una perspectiva histórica, además de ser simplemente una fuente abundante de material de investigación. Dado que los tejidos FFPE pueden almacenarse en un armario a temperatura ambiente, es barato crear una gran colección que será estable durante mucho tiempo. El formol y la cera preservan las estructuras frágiles dentro y entre las células del tejido, lo que hace que el tejido FFPE sea ideal para la gente que estudia la morfología de las células y los tejidos, como los patólogos que estudian las biopsias conservadas para diagnosticar el cáncer. Las proteínas del tejido FFPE también se conservan, no sólo las estructuras visibles al microscopio. Los histólogos pueden utilizar anticuerpos marcados con fluorescencia (o anticuerpos marcados por otros medios) que se unen específicamente a determinadas proteínas para ver si están presentes en ciertas células dentro de los tejidos, y si las localizaciones y cantidades de estas proteínas son diferentes en los tejidos enfermos frente a los sanos. Este método se denomina inmunohistoquímica (IHC). Por último, dado que el FFPE es un método antiguo y bien establecido para el almacenamiento de tejidos, los patólogos están acostumbrados a examinar y realizar diagnósticos a partir de biopsias de tejidos FFPE. Si desea obtener más información, lea la entrada de nuestro blog sobre qué es el tejido FFPE y cuáles son sus usos.
Desventajas del tejido FFPE
La formalina es volátil, tóxica y huele fatal. La mayoría de los procedimientos de incrustación y fijación en parafina son también laboriosos y requieren mucho tiempo. Además, aunque las proteínas se conservan, también se desnaturalizan. Ya no son biológicamente activas. Además, es posible que no se unan a los mismos anticuerpos que las versiones no desnaturalizadas (o nativas) de las mismas proteínas. Esto puede limitar en cierto modo su valor para ciertos tipos de estudios IHC, y hacerlos inútiles para el análisis bioquímico. Otro problema es que los ácidos nucleicos (ADN y ARN) del tejido FFPE no se conservan muy bien. Si bien es posible aislar los ácidos nucleicos de este tipo de tejido preservado, su uso puede ser limitado. Por lo tanto, el tejido FFPE no siempre es adecuado para el análisis genético molecular. Por último, la mayoría de los protocolos de FFPE no están estandarizados. Esto significa que no hay garantía de que las muestras recogidas en diferentes momentos o lugares se hayan preparado de forma similar. Los métodos de preparación no estandarizados pueden afectar de forma desproporcionada a los resultados obtenidos, especialmente en el caso del análisis genético molecular. Se pueden realizar algunos análisis moleculares, pero se pierde mucho cuando el tejido se conserva utilizando el método FFPE.
Tejidos congelados
Los tejidos congelados, por otro lado, funcionan muy bien para el análisis genético molecular – especialmente si los materiales de la biopsia se sumergen en nitrógeno líquido en un método llamado «congelación rápida», y luego se almacenan en un congelador ultra frío a menos de -80 grados Celsius. Así, si se dispone de un congelador a «-80» y de nitrógeno líquido, los tejidos frescos congelados son fáciles de preparar. Las muestras de conjuntos de tejidos congelados también son muy útiles para el análisis IHC, ya que las proteínas se conservan en estado nativo. Estas proteínas «nativas» no desnaturalizadas también pueden aislarse en una forma todavía activa, para su análisis bioquímico. Sin embargo, los tejidos se degradan rápidamente a temperatura ambiente y no se conservan bien cuando se guardan en un congelador de alimentos o doméstico más estándar a «-20». Hay que congelarlo lo antes posible, y luego mantenerlo muy frío. En el caso del tejido de biopsia, esto puede ser difícil, ya que los cirujanos pueden no tener nitrógeno líquido a mano para congelar rápidamente el material tumoral extirpado. También se necesita un congelador de temperatura ultrabaja para mantener el tejido congelado en todo momento. Los archivos de tejidos congelados son siempre vulnerables a los cortes de energía o a los fallos mecánicos. Además, los técnicos sin experiencia pueden dejar las valiosas muestras en sus mesas de laboratorio u olvidarse de cerrar la puerta del congelador. Por último, al ser un método más nuevo, los biobancos suelen tener colecciones más pequeñas de tejidos congelados.
Resumen de FFPE VS Tejido Congelado
En resumen, los tejidos FFPE son muy adecuados para crear grandes archivos de tejidos para la investigación. Una vez preparados, los tejidos FFPE son muy resistentes. No necesita un equipo especial para mantenerlo estable durante décadas. Los patólogos llevan décadas realizando diagnósticos a partir de tejidos FFPE y están muy familiarizados con ellos. El tejido FFPE también puede utilizarse para algunos estudios de IHC. El tejido FFPE puede no ser adecuado para el análisis de proteínas nativas, y generalmente es inferior para los tipos de análisis genéticos, como la PCR, la qPCR o la secuenciación de ADN de próxima generación, que se están convirtiendo en algo habitual. El tejido congelado, en cambio, conserva el ADN, el ARN y las proteínas nativas. Sin embargo, los archivos de tejidos congelados pueden perderse rápidamente debido a cortes de energía, fallos mecánicos o descuidos en el laboratorio. Los tejidos congelados también son menos familiares para los patólogos, que en general se sienten más cómodos haciendo diagnósticos tras el análisis microscópico de los tejidos FFPE.