La detección del provirus del VIH-1 que puede integrarse en el núcleo de una célula huésped y permanecer latente durante años es problemática. El umbral de la hibridación in situ, que es de unas 10 copias por célula, es demasiado alto para detectar una copia integrada del provirus. Aunque la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) puede detectar 1 provirus por cada 100.000 células, no puede determinar la localización celular específica del virus. Estos problemas pueden resolverse con la hibridación in situ por PCR. La adaptación de este método a la detección de ARN (PCR in situ con transcriptasa inversa) permite determinar si la infección viral es latente o productiva, así como detectar la respuesta del huésped en forma de expresión de ARNm de citoquinas. Estas metodologías han demostrado que (1) existe una infección masiva de las células CD4 por el VIH-1 antes de la sintomatología definitoria del sida, (2) la progresión del sida está marcada por la destrucción progresiva de las células CD4, como demuestra el aumento de la proporción de células infectadas de forma productiva y latente, (3) el objetivo principal del virus en el cuello uterino, el pulmón, el sistema nervioso central y el músculo esquelético es el macrófago y sus derivados, y (4) las enfermedades relacionadas con el sida, como la demencia por sida, se caracterizan por la presencia de muchas células infectadas por el virus y la regulación al alza de una amplia variedad de citoquinas, principalmente en las células vecinas no infectadas. En este capítulo se describen las metodologías para detectar el ADN y el ARN del VIH-1 en secciones de tejido embebidas en parafina, así como los experimentos de etiquetado conjunto necesarios para definir la respuesta del huésped a la invasión viral.