Klik på ikonerne ovenfor for at downloade den nyeste ApE (v2.0.61, Februrary 5, 2020)
Se nedenstående vejledning til installation af open source-programmer på en Mac. Hvis du installerer på OSX El Capitain (OSX 10.11) eller ældre systemer. Send mig en e-mail for at få instruktioner (angiv venligst din OS-version – jeg ignorerer e-mails uden disse oplysninger.)
Klik her for at lave en frivillig donation til støtte for ApE.
Følg @ApEplasmid
En kort video om installation af ApE på en Mac:
Din browser understøtter ikke <video>-tagget.
Kører i Windows (XP, Vista, 7, 8 og 10) og Mac (OS X v10.5 og derover) Fremhævning af restriktionssteder i redigeringsvinduet Rejser nøjagtigt Dam/Dcm-blokering af enzymsteder Fremhævning af tekst ved hjælp af foruddefinerede og brugerdefinerede funktionsbiblioteker Viser oversættelse, Tm, %GC, ORF af udvalgt DNA i realtid Læser DNA Strider, Fasta, Genbank- og EMBL-filer Gemmer filer som DNA Strider-kompatibelt eller Genbank-filformat Fremhæver og tegner grafiske kort ved hjælp af feature annotationer fra genbank- og embl-filer Direkte BLAST’er den valgte sekvens på NCBI eller wormbase
Tekstkort viser DNA-sekvens, translation, og funktioner som tekstbaseret grafik
Opretter grafiske restriktionskort- lineær eller cirkulær med angivne funktioner Forbinder grafiske og tekstfunktioner med hyperlink-dobbeltklik Gemmer grafik som indkapslet postscript eller skalerbar vektorgrafik Kopierer og gemmer grafik som Windows-metafiler (kun MS Windows)
Virtuelt begrænsningsdigest Tegner præ-definerede og brugerdefinerede DNA-stiger Forbinder bånd til tekst ved at dobbeltklikke
Læser ABI-sekventeringssporingsfiler Sekvenser i ABI-sporinger kan afstemmes direkte med en referencesekvens, med tilpasningen hyperlinket tilbage til sporet.
Vælger steder, der matcher flere kriterier (union/intersection- cut-frekvens, stedtype) i alle åbne vinduer Vælger steder, der skærer oftere i en sekvens end en anden (til snip-SNP-detektion eller diagnostiske digester) Har brugerdefineret enzymgruppering for at adskille f.eks. enzymer, der er på lager i øjeblikket. Giver brugerne mulighed for at definere nye enzymer ved navn og genkendelsessted Importerer DNA Strider-formatfiler (simple enzym-, site-lister), der er tilgængelige fra REBASE
Andre funktioner:
De fleste analysevinduer er hyperlinkede til deres tilsvarende sekvenser, herunder: Grafiske kort Tekstkort Virtuelle digests Alignments (herunder ABI-sekvenser) Silent Sites Translation Primer Find Bruger brugerdefinerede funktionsdefinitionsbiblioteker, som gør det muligt at: Hurtig annotation af sekvensen Hurtig søgning og fremhævning af alle tilgængelige primere, som du (eller andre) har, der hybridiserer til en sekvens Sekvensen kan annoteres og visualiseres på flere måder hurtigt og effektivt Grafiske kort, der viser primerbindingssteder og alle interessante sekvensfunktioner Oversætter sekvenser med valgfri DNA-justering Finder potentielle primere, der matcher brugerens kriterier (længde, Tm, %GC, selv/andre komplementaritet) Justerer to DNA-sekvenser (eller en hvilken som helst kombination af sekvens og ABI-spor), med tilpasningen hyperlinket til den oprindelige sekvens Finder translationelt tavse restriktionssteder Tegner grafiske ORF-kort
Klik her for at foretage en frivillig donation til støtte for ApE. Få ældre versioner Du kan nu eksportere genomiske regioner direkte fra Wormbase: Vælg “Download Track Data” i den øverste højre drop-down-menuknap. Klik på knappen “Configure…” (Konfigurer…). Dump udvalgte funktioner ved hjælp af version 3 Kryds den aktuelt synlige region. Marker “Save to File” (Gem til fil). Marker “Embed DNA sequence” (indlejrer DNA-sekvens). AFKASSER “Include track configuration data”. Klik på “Go”. Åbn den resulterende .gff-fil i den nyeste ApE.
Alternativt kan du eksportere en genomisk region (fra genomfremviseren) som en FASTA-formateret fil (ved hjælp af menuen øverst til venstre). Du kan tilføje funktionssporene ved at downloade GFF3-funktionssporfilerne ved hjælp af den samme menu. I ApE skal du åbne FASTA-filen og derefter bruge menuen Features til at åbne GFF3-sporoplysningerne.
En anden måde at gøre det på er at tage genmodellen (fra en genside), indsætte den i et ApE-vindue og derefter vælge alt, lave en ny feature (menuen Feature), og i vinduet Edit feature, der vises, trykke på knappen “upper case only”. Hvis du mener, at ApE ikke finder alle de ClaI-steder (eller XbaI eller BclI), som du VED er til stede i din sekvens, skal du slå Dam/Dcm-methyleringen fra på din sekvens og prøve igen. Se her for flere oplysninger. Klik her for at foretage en frivillig donation til støtte for ApE.
for at lave en frivillig donation til støtte for ApE.
