Der har været flere South Atlantic Leagues i historien om mindre ligaer inden for baseball, fra 1904 til i dag med nogle få afbrydelser. Ligaen løb fra 1904 til 1917 som en klasse C-liga, hvorefter den startede op igen i 1919, også i klasse C. Denne gang løb den fra 1919 til 1930 og rykkede op til klasse B fra 1921. William G. Bramham blev formand for ligaen i midten af 1924 og sad på posten indtil 1930. Ligaen blev genstartet igen som klasse B fra 1936 til 1942, lukket som følge af Anden Verdenskrig og vendte tilbage i 1946 som en klasse A-liga. AA Southern Association (som aldrig blev integreret) døde efter 1961-sæsonen, og SAL blev derfor forfremmet til AA i 1963 for at tage dens plads; et år senere blev navnet ændret til Southern League. Ud af de 51 sæsoner, hvor den var i drift, deltog Augusta, Georgia i 46, Macon, Georgia var med i 46, og Columbia, South Carolina var med i 45. Charleston, South Carolina; Jacksonville, Florida; Savannah, Georgia; og Columbus, Georgia; konkurrerede hver især også i mindst 29 år, hvilket giver en relativt stabil opstilling.
Navnet South Atlantic League blev ikke brugt i 16 år, men i 1980 bragte Western Carolinas League navnet tilbage, da den søgte at ændre sin identitet. I næsten 60 år, fra 1948 til 2007, var den dominerende figur i WCL/SAL ligaens grundlægger og præsident John Henry Moss, der startede WCL som ung mand i 1948, genfødte den i 1960 og derefter ledede den ind i det nye århundrede. Moss gik på pension ved afslutningen af sæsonen i South Atlantic League i 2007. Han døde 90 år gammel den 1. juli 2009 i Kings Mountain, North Carolina – en by, hvor han også havde været borgmester i 23 år.
I 2005 havde SAL det højeste tilskuertal i 101 år med over 3 541 992 tilskuere (mens minor league baseball satte anden rekord i træk med 41 333 279 tilskuere). I øjeblikket har ligaen 14 hold, fordelt på to divisioner med syv klubber.
Starten af 2020-sæsonen blev udsat på grund af COVID-19-pandemien, inden den i sidste ende blev aflyst den 30. juni. I slutningen af 2020 tvang Major League Baseball’s omstrukturering af minor league-systemet til massive omvæltninger på Class A og High-A-niveauerne. Af de fjorten hold, der skulle have spillet SAL-sæsonen i 2020, blev seks hold forfremmet til High-A og skulle deltage i det nye High-A East, fem hold forblev i Low-A, men sluttede sig til det nye Low-A East, og tre hold blev tvunget helt ud af det tilknyttede baseball. Hagerstown Suns blev efter sigende nedlagt, og West Virginia Power og Lexington Legends sluttede sig begge til Atlantic League of Professional Baseball, en partnerliga med Major League Baseball.