I den sidste del af det 20. århundrede blev sagen mod Hauptmann undersøgt nøje. Et af beviserne under hans retssag var f.eks. et klodset telefonnummer på en tavle i hans skab, som var nummeret på den mand, der leverede løsesummen, John F. Condon. En nævning under retssagen sagde, at dette var det eneste element, der overbeviste ham mest, men nogle forfattere hævder, at en journalist senere indrømmede, at han selv havde skrevet nummeret. Der er dog ingen beviser for dette, og Hauptmann indrømmede, at han havde kradset Condons nummer efter at have set det i en avis og hævdede, at han gjorde det af interesse for sagen. Det hævdes også, at de øjenvidner, der placerede Hauptmann på Lindberghs ejendom nær gerningstidspunktet, ikke var troværdige, og at hverken Lindbergh eller den mellemmand, der leverede løsesummen, i første omgang identificerede Hauptmann som modtageren.
Faktisk fortalte Condon, efter at have set Hauptmann i en konfrontation på New York Police Department Greenwich Street Station, til FBI Special Agent Turrou, at Hauptmann ikke var “John”, den mand, som Condon hævdede, at han havde givet løsesummen til på St. Raymond’s Cemetery. Han erklærede endvidere, at Hauptmann så anderledes ud (f.eks. at han havde andre øjne, var tungere og havde andet hår), og at “John” i virkeligheden var død, fordi han var blevet myrdet af sine medsammensvorne.
Mens Lindbergh ventede i en bil i nærheden, hørte han “Johns” stemme, der kaldte på Condon under afleveringen af løsesummen, men han så ham aldrig. Selv om han over for Bronx Grand Jury vidnede, at han kun hørte ordene “hey doc”, og at det ville være meget svært at sige, at han kunne genkende en mand på hans stemme, identificerede han Hauptmann som havende den samme stemme under retssagen i Flemington. Politiet slog Hauptmann, mens han var i forvaring på Greenwich Street Station.
Det er også blevet påstået, at visse vidner blev intimideret, og nogle hævder, at politiet plantede eller forfalskede beviser, som f.eks. stigen. Der er også påstande om, at politiet fiflede med Hauptmanns stempelkort og ignorerede kolleger, der erklærede, at Hauptmann arbejdede den dag, hvor kidnapningen fandt sted. Disse og andre fund fik J. Edgar Hoover, den første direktør for FBI, til at sætte spørgsmålstegn ved den måde, hvorpå efterforskningen og retssagen blev gennemført. Hauptmanns enke kæmpede indtil slutningen af sit liv for at få sin mands dom omstødt.
Erastus Mead Hudson var ekspert i fingeraftryk og kendte til den dengang sjældne sølvnitratproces til indsamling af fingeraftryk fra træ og andre overflader, hvor den tidligere pulvermetode ikke ville virke. Han fandt ud af, at Hauptmanns fingeraftryk ikke var på træet, selv ikke på steder, som manden, der lavede stigen, må have rørt ved. Da han rapporterede dette til en politibetjent og erklærede, at de måtte se nærmere efter, sagde betjenten: “Du godeste, det må De ikke fortælle os, doktor!” Stigen blev derefter vasket for alle fingeraftryk, og oberst Norman Schwarzkopf, Sr, inspektør for New Jersey State Police, nægtede at afsløre over for offentligheden, at Hauptmanns fingeraftryk ikke var på stigen.
Der er skrevet flere bøger, der proklamerer Hauptmanns uskyld. Disse bøger kritiserer på forskellig vis politiet for at lade gerningsstederne blive forurenet, Lindbergh og hans medarbejdere for at blande sig i efterforskningen, Hauptmanns advokater i retssagen for at have repræsenteret ham ineffektivt, og pålideligheden af de vidner og fysiske beviser, der blev fremlagt under retssagen. Især den britiske journalist Ludovic Kennedy satte spørgsmålstegn ved mange af beviserne, f.eks. stigenes oprindelse og mange af vidnernes vidneudsagn.
I sin bog om en anden højt profileret retssag fra 1930’erne, Winnie Ruth Judd-sagen, argumenterede den undersøgende journalist Jana Bommersbach for, at Hauptmann ikke kunne have fået en retfærdig rettergang, fordi pressen skabte en atmosfære af fordomme mod ham. Bommersbach bemærkede, at aviserne dengang fungerede som både “dommer og jury” og dækkede kriminalitet på en måde, der i dag ville blive betragtet som sensationalistisk.
I mere end 50 år kæmpede Hauptmanns enke uden held med domstolene i New Jersey for at få sagen genåbnet. I 1982 sagsøgte den 82-årige Anna Hauptmann staten New Jersey, forskellige tidligere politibetjente, Hearst-aviserne, der havde offentliggjort artikler forud for retssagen, som insisterede på Hauptmanns skyld, og den tidligere anklager David T. Wilentz (dengang 86 år) for at få over 100 millioner dollars i erstatning for uberettiget død. Hun hævdede, at de nyopdagede dokumenter beviste, at anklagemyndigheden havde begået forseelser og at regeringsagenter havde fremstillet beviser, som alle var forudindtaget mod Hauptmann, fordi han tilfældigvis var af tysk etnisk oprindelse. I 1983 afviste USA’s højesteret hendes anmodning om, at den føderale dommer, der behandlede sagen, skulle diskvalificeres på grund af juridisk partiskhed, og i 1984 afviste dommeren hendes krav.
I 1985 blev der fundet mere end 23.000 sider med politidokumenter fra Hauptmann-sagen i den afdøde guvernør Hoffmans garage. Disse dokumenter udgjorde sammen med 34.000 sider FBI-dokumenter, som, selv om de var blevet opdaget i 1981, ikke var blevet offentliggjort, en uventet mængde af tidligere ikke-offentliggjorte oplysninger. Som et direkte resultat af disse nye beviser ændrede Anna Hauptmann igen sin civile klage den 14. juli 1986 for at rense sin afdøde mands navn ved fortsat at hævde, at han blev “snydt fra start til slut” af politiet, som ledte efter en mistænkt. Blandt hendes påstande var antydninger om, at skinnen fra stigen, der blev taget fra loftet, hvor de boede i 1935, var plantet af politiet, og at pengene til løsesummen blev efterladt af Isidor Fisch, som muligvis var den rigtige kidnapper. I 1990 afviste New Jerseys guvernør, James Florio, hendes opfordring til et møde for at rense Bruno Hauptmanns navn. Anna Hauptmann døde den 10. oktober 1994.
I 1974 skrev Anthony Scaduto Scapegoat, som indtog den holdning, at Hauptmann blev snydt, og at politiet både tilbageholdt og fabrikerede beviser. Dette førte til yderligere undersøgelser, og i 1985 udgav Ludovic Kennedy bogen The Airman and the Carpenter, hvori han argumenterede for, at Hauptmann ikke havde kidnappet og myrdet Charles Augustus Lindbergh Jr. Bogen blev lavet til en tv-film fra 1996, Crime of the Century, med Stephen Rea og Isabella Rossellini i hovedrollerne.
Det er ikke alle moderne forfattere, der er enige i disse teorier. Jim Fisher, en tidligere FBI-agent og professor ved Edinboro University of Pennsylvania, har skrevet to bøger om emnet, The Lindbergh Case (1987) og The Ghosts of Hopewell (1999), for i det mindste delvist at tage fat på det, han kalder en “revisionsbevægelse”. I disse tekster forklarer han i detaljer beviserne mod Hauptmann. Han giver en fortolkning, der diskuterer både fordele og ulemper ved disse beviser. Han konkluderede “I dag er Lindbergh-fænomenet et gigantisk svindelnummer begået af folk, der udnytter en uoplyst og kynisk offentlighed. På trods af alle bøger, tv-programmer og retssager er Hauptmann lige så skyldig i dag, som han var i 1932, da han kidnappede og dræbte sønnen af hr. og fru Charles Lindbergh.”
Lindbergh mente, at Hauptmann måtte have været involveret i kidnapningen og mordet på hans søn. Han bemærkede, at Hauptmann var storslået bygget, men havde øjne som et vildsvin.