Commensal mikroflora (normal mikroflora, indfødt mikrobiota) består af de mikroorganismer, som er til stede på de kropsoverflader, der er dækket af epitelceller, og som er eksponeret for det ydre miljø (mave-tarm- og luftvejene, vagina, hud osv.). Antallet af bakterier, der koloniserer slimhinde- og hudoverflader, er større end antallet af celler, der udgør menneskekroppen. Kommensale bakterier har udviklet sig sammen med deres værter, men under særlige forhold kan de overvinde værtens beskyttende reaktion og udøve patologiske virkninger. Residente bakterier danner komplekse økosystemer, hvis diversitet er enorm. Den mest rigelige mikroflora findes i de distale dele af tarmen; størstedelen af tarmbakterierne er gramnegative anaerobe bakterier. Mere end 50 % af tarmbakterierne kan ikke dyrkes med konventionelle mikrobiologiske teknikker. Molekylærbiologiske metoder bidrager til at analysere mikrofloraens strukturelle og funktionelle kompleksitet og til at identificere dens bestanddele. Den residente mikroflora indeholder en række komponenter, der er i stand til at aktivere den medfødte og adaptive immunitet. Ubegrænset immunaktivering som reaktion på signaler fra kommensale bakterier kan indebære risiko for inflammation; immunreaktioner på slimhindernes mikrobiota kræver derfor en præcis reguleringskontrol. Det slimhindeimmunforsvar har udviklet specialiserede regulerende, antiinflammatoriske mekanismer til at eliminere eller tolerere ufarlige, fødevarebårne og luftbårne antigener og kommensale mikroorganismer (oral, slimhindetolerance). Samtidig skal slimhindeimmunforsvaret dog også sørge for lokale forsvarsmekanismer mod trusler fra omgivelserne (f.eks. invaderende patogener). Dette vigtige krav opfyldes af flere mekanismer i slimhindeimmuniteten: stærkt udviklede medfødte forsvarsmekanismer, der sikrer en passende funktion af slimhindebarrieren, eksistensen af unikke typer af lymfocytter og deres produkter, transport af polymere immunglobuliner gennem epitelceller til sekret (sIgA) og migration og homing af celler med oprindelse i slimhindernes organiserede væv i slimhinderne og de eksokrine kirtler.
Den vigtige rolle, som commensale bakterier spiller for udviklingen af et optimalt fungerende slimhindeimmunforsvar, blev påvist hos bakteriefri dyr (ved hjælp af gnotobiologiske teknikker). Man har for nylig foreslået, at den kommensale mikroflora og dens komponenter med stærke immunoaktiverende egenskaber (f.eks. LPS, peptidoglykaner, superantigener, bakterie-DNA, Hsp) spiller en rolle i den etiopatogenetiske mekanisme for forskellige komplekse, multifaktorielle og multigeniske sygdomme, herunder inflammatoriske tarmsygdomme, parodontose, reumatoid arthritis, aterosklerose, allergi, multiorgansvigt og tarmkræft. Dyremodeller af menneskelige sygdomme, der opdrættes under definerede gnotobiotiske forhold, bidrager til at belyse ætiologien bag disse hyppige sygdomme. En bedre forståelse af interaktioner mellem kommensale bakterier og vært ved hjælp af bakteriefri dyremodeller med selektive koloniseringsstrategier kombineret med moderne molekylære teknikker kan give ny indsigt i mekanismerne for slimhindeimmunitet og også i de patogenetiske mekanismer for flere infektiøse, inflammatoriske, autoimmune og neoplastiske sygdomme. Regulering af mikrofloraens sammensætning (f.eks. ved hjælp af probiotika og præbiotika) giver mulighed for at påvirke udviklingen af slimhinde- og systemisk immunitet, men den kan også spille en rolle i forebyggelse og behandling af visse sygdomme.