Det spanske imperiumRediger
Stiftelsen af San Buenaventura-missionen kan spores til den beslutning, som franciskanermunk Junipero Serra traf palmesøndag den 30. marts 1749, om at rejse til den nye verden som missionær for de indfødte folk.
Tredive treogtredive år og en dag senere rejste han korset på “la playa de la canal de Santa Barbara” (stranden ved Santa Barbara-kanalen) påskemorgen den 31. marts 1782. Assisteret af Pedro Benito Cambon fejrede han en højmesse, prædikede om opstandelsen og indviede en mission til San Buenaventura (Sankt Bonaventura). Den var blevet planlagt som den tredje i den kæde af 21 missioner, som Serra grundlagde, men den skulle blive den niende og sidste, der blev grundlagt i hans levetid, og en af de seks missioner, som han personligt indviede.
Under ledelse af broder Cambon, som Serra overlod ansvaret for den nye mission, blev der mellem 1805-1815 bygget et system af akvædukter af Chumash-folket for at opfylde missionens befolknings behov, og de bestod af både grøfter og forhøjede stenmure. Vandløbet løb fra et punkt på Ventura-floden ca. ½ mil nord for de tilbageværende ruiner og førte vandet til opbevaringstanke bag missionen, i alt ca. 7 miles (11 km). Med rigeligt vand var missionen i stand til at opretholde blomstrende frugtplantager og haver, som blev beskrevet af den engelske navigatør George Vancouver som de fineste, han havde set. Vandforsyningssystemet blev beskadiget af oversvømmelser og nedlagt i 1862.
Missionens første kirke blev ødelagt ved en brand i 1793. Bygningen af en anden kirke blev opgivet, fordi “døren gav efter”. En permanent erstatning kunne ikke genopbygges før 1812. Omkring samme tid blev San Miguel-kapellet og Santa Gertrudis-kapellet færdiggjort.
En række jordskælv og en ledsagende seismisk havbølge i 1812 tvang munkene og de indianske neofytter til at søge midlertidigt ly et par kilometer inde i landet. Seks år senere måtte brødrene fjerne hellige genstande fra kirken og hele missionen flygte ind i bjergene for at undslippe et angreb ledet af den argentinske pirat Hippolyte de Bouchard, der plyndrede missionerne og netop havde gennemført et vellykket angreb mod Mission San Juan Capistrano.
MexicoRediger
Efter landets uafhængighed fra Spanien udstedte den mexicanske regering i 1834 et dekret om sekularisering, der fratog brødrene den administrative kontrol over missionerne. I 1845 blev Mission San Buenaventura udlejet til Jose Arnaz og Narciso Botello og blev senere solgt ulovligt til Arnaz.
Missionen undgik ikke helt de konsekvenser, som den mexicansk-amerikanske krig i 1846-1847 havde for Californien. Den 5. januar 1847, mens den var på vej fra Santa Barbara til Los Angeles, lykkedes det den 428 mand store California Battalion under kommando af den amerikanske hærs major John C. Fremont at sprede en væbnet styrke på op til 70 fjendtlige californiere nær missionen.
USARediger
Da Californien var blevet en delstat i Unionen, da Joseph Sadoc Alemany, O.P., blev udnævnt til den første biskop af Monterey i 1850, anmodede han USA’s regering om at returnere den del af missionens besiddelser, der omfattede kirken, præsteboligen, kirkegården, frugtplantagen og vingården, til den katolske kirke. Anmodningen blev imødekommet i form af en proklamation fra præsident Abraham Lincoln den 23. maj 1862.
På grund af alvorlige skader ved jordskælvet i Fort Tejon i 1857 blev missionens tegltag erstattet af et tag af skifertag. I 1893 “moderniserede” Cyprian Rubio kirkens indre ved at overmale de oprindelige kunstværker; da han var færdig, var der kun lidt af den gamle kirke, som var uberørt. Vinduerne blev forlænget, loftet med bjælker og flisegulvet blev dækket til, og resterne af den gamle kirke blev revet ned. Det vestlige sakristi blev fjernet for at give plads til en skole, som faktisk først blev bygget i 1921. Under Patrick Grogans præsteembede blev kirkens tag igen dækket med fliser, klosteret og den nuværende præstegård blev bygget, og et nyt springvand blev anbragt i haven.
Undervisningen af børn på Mission San Buenaventura har blomstret med mellemrum siden 1829 (under det mexicanske styre) og kontinuerligt siden 1922. Holy Cross School, der oprindeligt var en bygning med fire klasselokaler, har tjent sine elever og sognets beundringsværdigt siden indvielsen i 1922. I 1925 blev den udvidet for at imødekomme væksten, og i 1949 førte en efterfølgende renovering den ud til Main Street (El Camino Real) uden plads til yderligere udvidelse.
I forbindelse med en større restaurering under ledelse af Aubrey J. O’Reilly i 1956-1957 blev vinduerne rekonstrueret til deres oprindelige størrelse, og loftet og gulvet blev afdækket. Et mangeårigt sognebarn bestilte støbning af en klokke med en automatisk angelus-anordning og donerede den til missionen; den hænger i klokketårnet over de fire gamle håndbetjente klokker.
Den anden halvdel af det 20. århundrede bragte mere vækst samt slitage og forældelse med sig, og skolens problemer går langt ud over rumlige mangler. Som reaktion på denne situation dannede San Buenaventura Missionssognet under ledelse af Monsignor Patrick J. O’Brien et planlægnings- og udviklingsudvalg bestående af sognebørn, lærere, ansatte i sognet og forældre og hyrede i juni 1994 firmaet Mainstreet Architects and Planners i centrum af byen til at udarbejde en konceptuel helhedsplan for missionsejendommene, der omfattede udformningen af en ny skole og en tilstødende multianvendelig bygning, som skulle tjene både skole og sogn. Denne plan krævede også, at klosteret blev nedbrudt, og de to tilbageværende Holy Cross-søstre flyttede ind i det større St. Catherine by the Sea Convent, der ligger i kort afstand fra missionen.
Hele taget på kirken blev fjernet og udskiftet i 1976. I december samme år blev kirken højtideligt indviet af kardinal Timothy Manning, ærkebiskop af Los Angeles. I 1982 markerede missionen sit tohundredeårs jubilæum. En ny skolebygning i tre etager med børnehave, børnehave og 1.-8. klasse, som ligger ved foden af bakken bag missionen, blev indviet i januar 2001. Skolen rummer også Serra-kapellet til eukaristisk tilbedelse, voksenundervisningslokaler, et sogne-/skolekøkken og en stor forsamlingshal, der bruges som skolens auditorium og til store sogneforsamlinger og en søndagsmesse. Samlingssalen blev opkaldt efter O’Brien, som var præst i kirken i 25 år indtil sin pludselige død i 2005. Missionen fejrede sit 225-års jubilæum med en årelang række arrangementer og aktiviteter i 2006-07.
Det eneste, der er tilbage af den oprindelige mission, er kirken og dens have. Der findes et lille museum i missionen med udstillinger af genstande fra Chumash-indianerne og fra missionens tid. Missionen ligger i det historiske centrum af Ventura, og kun meget få californiske missioner havde som Mission San Buenaventura et centrum for forretning og handel tilbage på det sted, hvor missionen blev oprettet. Kirken er stadig et aktivt katolsk sogn, der betjener ca. 2.000 familier, og der afholdes stadig gudstjenester i sognekirken. Den nuværende præst er Tom Elewaut, som har været præst siden 2011.