Overfladen, hvor reservoiret ligger, var en del af Rancho Janal og blev købt af E. S. Babcock. Lower Otay Reservoir blev oprindeligt oprettet i 1897 efter opførelsen af Lower Otay Dam af Southern California Mountain Water Company. Den oprindelige dæmning var en stenfyldningstype med en højde på 38 m (125 fod). I 1900 købte John D. Spreckels jorden omkring reservoiret, og reservoiret blev senere overtaget af et selskab, der var ejet af Spreckles. Ved søen lå en jagthytte, som blev benyttet af gæster på Hotel del Coronado.
Den oprindelige dæmning gav efter i januar 1916 efter kraftige regnskyl, der ramte det meste af det sydlige Californien og oversvømmede Otay Valley med en vandmur, der var mellem 6,1 og 30,5 m høj, og som dræbte mere end 14 mennesker. Oversvømmelsen fejede hele gårde og bygninger væk, herunder Montgomery-residensen i Fruitland nær flodens udmunding, hvor John J. Montgomery havde bygget sin første serie af bemandede svæveflykonstruktioner. Regnvejret var angiveligt “regnmanden” Charles Hatfields værk, som var blevet hyret af San Diego for at hjælpe med at øge nedbøren for at fylde det nærliggende Morena-reservoir. Han blev aldrig sigtet for nogen forbrydelser. Efter dette blev den nuværende Arch-gravity-dæmning bygget. I 1934 blev den opkaldt til ære for Hiram Newton Savage, byens ingeniør, der førte tilsyn med opførelsen.
I 1936 købte Stephen Birch jorden omkring reservoiret, som havde været Rancho Otay. Hans datter Mary arvede jorden og flyttede efter at have giftet sig med en tidligere kommandør fra Royal Air Force ind i den tidligere jagthytte på Upper Otay Lake, Rancho del Otay.
Et Curtiss SB2C Helldiver-fly blev spottet i søen i februar 2009 af en bass-fisker. Den 28. maj 1945 havde det været på en øvelsesbombeflyvning fra et nærliggende hangarskib, da en motorstop tvang det til en nødlanding i reservoiret. Dykkere undersøgte flyet den 23. juli 2009 for at se, om det kunne bjærges til museumsudstilling, og det blev hævet den 20. august 2010.