Specificitet er en egenskab ved enzymet og beskriver, hvor restriktivt enzymet er i sit valg af substrat; et fuldstændig specifikt enzym ville kun have ét substrat.
Specificiteten af serinproteaser er normalt ikke særlig høj, da de har lignende aktive steder og virker gennem den samme proteolytiske mekanisme.
Som følge heraf kan en enkelt serinprotease virke på forskellige substrater, om end med forskellig hastighed. Hvordan substratet passer til enzymets aktive sted er af afgørende betydning for resultatet af enzym-substratreaktionen. Den binding, der skal spaltes, skal have en specifik orientering i forhold til aminosyresidekæderne i den katalytiske triade. Den vigtigste faktor for, hvordan et substrat passer til et enzym, er aminosyresekvensen omkring den binding, der skal spaltes.
Trypsin spalter amider og estere af de basiske aminosyrer argininin og lysin. Trombin har en lignende præference, men er mere specifik for arginin end for lysin.
Selektivitet er en egenskab ved substratet og angiver, i hvilken grad substratet er bundet til og spaltes af forskellige enzymer. Det bedste mål for selektivitet er givet ved forholdet kcat/Km. Syntetiske substrater er betydeligt mindre end de naturlige substrater og kan normalt spaltes af mere end ét enzym, dvs. syntetiske substrater er ikke helt selektive. Forklaringen på dette er, at store substrater som fibrinogen ikke kun interagerer med det aktive sted, men også med ydre domæner af enzymet. Sådanne interaktioner gør det muligt for substrater at skelne mellem forskellige serinproteaser, og fibrinogen bliver således meget selektivt for thrombin.
Selektivitetstabeller
Selektivitetsdataene i tabellen er blevet samlet for at give undersøgeren mulighed for at forstå, hvordan et kontaminerende enzym vil påvirke den enzym-substratreaktion, der undersøges. En anden måde at udtrykke dette på er at sige, at tabellen viser den relative reaktivitet af to eller flere enzymer på et bestemt substrat. Tabellen skal læses vandret. Hver række repræsenterer reaktiviteten af et substrat, der er udpeget til brug med et bestemt enzym, angivet til venstre, i forhold til andre relevante enzymer.
Eksempel: Datasættet i den øverste række viser den relative reaktivitet af thrombin-substratet S-2238™ med forskellige enzymer. Alle eksperimenterne blev udført med den samme buffer, dvs. den buffer, der er bedst egnet til reaktionen mellem thrombin og det kromogene substrat S-2238™. Desuden var substratkoncentrationen altid den samme, dvs. 2 x Km for reaktionen mellem det kromogene substrat S-2238™ og thrombin. Koncentrationerne af de forskellige enzymer er angivet i tabel 2 og er relateret til plasmakoncentrationen af det tilsvarende zymogen. Reaktiviteten af det kromogene substrat S-2238™ med thrombin, målt som den tidsafhængige stigning i absorbansen (ΔA/min), er angivet med værdien 100 % (den faktiske værdi af ΔA/min er angivet i parentes). Reaktiviteten af det kromogene substrat S-2238™ med enzymerne FXa, FXIa, APC, plasmin, enkeltkædet t-PA, plasmakallikrein og C1s er derefter blevet relateret til reaktiviteten af det kromogene substrat S-2238™ med thrombin og har vist sig at være henholdsvis 5, 5, 5, 40, 5, 5, 5, 60 og 2%.