Verdens første dokumenterede frihandelszone blev oprettet på den græske ø Delos i 166 fvt. Den varede indtil omkring 69 f.Kr., da øen blev overrendt af pirater. Romerne havde mange civitas libera, eller frie byer, hvoraf nogle kunne slå mønt, fastsætte deres egne love og ikke betale en årlig tribut til den romerske kejser. Disse fortsatte i hvert fald gennem det første årtusinde e.Kr. I det 12. århundrede begyndte Hansestæderne at operere i Nordeuropa og etablerede handelskolonier i hele Europa. Disse frihandelszoner omfattede bl.a. Hamborg og Steelyard i London. Steelyard var ligesom andre Hansa-stationer et separat muromkranset samfund med sine egne pakhuse, vejehus, kapel, tællehuse og boligkvarterer. I 1988 blev resterne af det tidligere hansiske handelshus, som engang var det største middelalderlige handelskompleks i Storbritannien, afdækket af arkæologer i forbindelse med vedligeholdelsesarbejde på Cannon Street Station. Shannon, Irland (Shannon Free Zone), der blev oprettet i 1959, har hævdet at være den første “moderne” frihandelszone. Shannon-zonen blev oprettet for at hjælpe byens lufthavn med at tilpasse sig til en radikal ændring i flyteknologien, som gjorde det muligt for fly med længere rækkevidde at springe de tidligere nødvendige tankstop i Shannon over. Det var et forsøg fra den irske regerings side på at bevare beskæftigelsen omkring lufthavnen, således at lufthavnen fortsat kunne generere indtægter til den irske økonomi. Det var en enorm succes og er stadig i drift den dag i dag. Andre frizoner, der er værd at bemærke, er Kandla Free Zone i Indien, som blev oprettet omkring 1960, og Kaohsiung Export Processing Zone i Taiwan, som blev oprettet i 1967. Antallet af frihandelszoner på verdensplan voksede i slutningen af det 20. århundrede.
Selskaber, der etablerer sig i en zone, kan få en række lovgivningsmæssige og skattemæssige incitamenter, f.eks. ret til at etablere en virksomhed, ret til at importere dele og udstyr uden told, ret til at beholde og anvende valutaindtægter og undertiden indkomst- eller ejendomsskattelettelser. Der kan også være andre incitamenter i forbindelse med metoderne for toldkontrol og krav om registrering. Begrundelsen er, at zonerne skal tiltrække investeringer, skabe beskæftigelse og dermed mindske fattigdom og arbejdsløshed og stimulere økonomien i området. Disse zoner bruges ofte af multinationale selskaber til at oprette fabrikker til produktion af varer (f.eks. tøj, sko og elektronik).
Frihandelszoner bør adskilles fra frihandelsområder. En frihandelszone etableres normalt i et enkelt land, selv om der er nogle få undtagelser, hvor en frihandelszone kan krydse en national grænse, som f.eks. den syrisk/jordaniske frihandelszone. Frihandelsområder oprettes mellem lande; f.eks. blev den latinamerikanske frihandelssammenslutning (LAFTA) oprettet ved Montevideo-traktaten i 1960 af Argentina, Brasilien, Chile, Mexico, Paraguay, Peru og Uruguay, og den nordamerikanske frihandelsaftale blev oprettet mellem Mexico, USA og Canada. I frihandelsområder sænkes toldsatserne kun mellem medlemslandene. De bør også skelnes fra toldunioner, som det tidligere Europæiske Økonomiske Fællesskab, hvor flere lande er enige om at ensrette toldreglerne og fjerne told mellem unionsmedlemmerne.
Frihandelszoner er i nyere tid også blevet kaldt særlige økonomiske zoner i nogle lande. Særlige økonomiske zoner (SEZ) er blevet oprettet i mange lande som forsøgsområder for gennemførelsen af de liberale markedsøkonomiske principper. SEZ’er betragtes som instrumenter til at øge accepten og troværdigheden af omstillingspolitikkerne og til at tiltrække indenlandske og udenlandske investeringer. Ændringen i terminologien skyldes oprettelsen af Verdenshandelsorganisationen (WTO), som forbyder medlemmerne at tilbyde visse former for skattemæssige incitamenter til at fremme eksporten af varer, hvorfor udtrykket eksportforarbejdningszone (EPZ) ikke længere anvendes i forbindelse med nyere zoner. Indien konverterede f.eks. alle sine EPZ’er til SEZ’er i 2000.
I 1999 var der 43 millioner mennesker, der arbejdede i ca. 3.000 frihandelszoner i 116 lande, som producerede tøj, sko, sneakers, elektronik og legetøj. De grundlæggende mål med økonomiske zoner er at øge indtjeningen af udenlandsk valuta, udvikle eksportorienterede industrier og skabe beskæftigelsesmuligheder.