Filippinerne fik i 1898 USA’s omstyrtelse af den spanske autoritet til at tro, at deres lands uafhængighed, der blev proklameret den 12. juni 1898, var sikret. Et nationalt flag, der var helt anderledes end de revolutionære bannere, der blev brugt få år tidligere, blev vedtaget. I hejsen var der en hvid trekant, der symboliserede frihed og sandsynligvis var afledt af frimurersymbolikken. Den bar en gylden sol og tre gyldne stjerner, der stod for de tre hovedområder i Filippinerne – Luzon-gruppen af øer i nord, Visayan-gruppen i syd og den sydlige hovedø Mindanao. De otte solstråler stod for de provinser, hvor det oprindelige anti-spanske oprør var brudt ud. Resten af flaget bestod af vandrette striber af blå (for villighed til at ofre sig selv for friheden) over rød (for mod).
Den første republik blev endeligt undertrykt af USA, og dens flag blev forbudt mellem 1907 og 1920. I 1936 vedtog det nye Commonwealth of Philippines dette flag i forventning om en eventuel uafhængighed. Under den japanske besættelse blev det filippinske flag først forbudt og derefter officielt anerkendt den 14. oktober 1943, da den japansk kontrollerede anden republik blev udråbt. Filippinere, der var modstandere af det japanske styre, viste flaget med den blå stribe nedad og den røde stribe opad (dvs. de hejste flaget med hovedet nedad). Endelig gav USA Filippinerne uafhængighed den 4. juli 1946 under 1898-flaget. I 1985 ændrede præsident Ferdinand Marcos den blå nuance fra mørk til lys i den tro, at republikkens tidligste flag havde været lyseblå. Hans efterfølger, Corazon Aquino, omgjorde ændringen, men den 16. september 1997 blev den øverste stribe igen ændret fra mørk marineblå til en lysere kongeblå i anledning af det oprindelige filippinske flags 100-års jubilæum, men den 16. september 1997.