Efter Robert E. Lee overgav sig ved Appomattox retssal den 9. april 1865, blev generalen benådet af præsident Lincoln. Han kunne dog ikke vende tilbage til sin ejendom i Arlington, Virginia, fordi den nu lå midt på en national kirkegård med udsigt over tusindvis af unionssoldaters grave.
Lee og hans familie flyttede i stedet til Lexington, Virginia, hvor han blev præsident for Washington College. Det menes, at han accepterede denne lavprofilerede post, som kun gav 1.500 dollars om året, fordi han fandt det upassende at tjene penge efter en så blodig og splittet konflikt. I 1865 underskrev Lee en amnesti-ed og bad endnu en gang om at blive statsborger i USA. Han gjorde det som en aktiv opfordring til de konfødererede soldater om at genindtræde i USA.
Lee’s eget ønske om at blive amerikansk statsborger blev et offer for skæbnen. Hans troskabsed var fejlplaceret, og han blev stadig betragtet som en gæst i sit eget land, da han døde af hjertesvigt den 12. oktober 1870. Lees ed blev først opdaget 100 år senere i nationalarkivet.
Den 5. august 1975 kaldte præsident Gerald Ford ved en ceremoni i Arlington House Lee for et eksempel for de efterfølgende generationer og fik hans statsborgerskab genindført. Han er begravet på det tidligere Washington College, der nu er kendt som Washington and Lee University.
Billede: Billede: General Robert E. Lee, Library of Congress Prints and Photographs Division