1796-1802Rediger
Krigen var skadelig for Spanien og for den spanske krones indtægter, idet den britiske blokade i høj grad reducerede den mængde rigdom, der kom fra kolonierne. En spansk hovedflåde under Jose de Cordoba y Ramos havde dog 27 linieskibe og planlagde at forbinde sig med franskmændene og beskytte kupeer med værdifulde varer. Den britiske Middelhavsflåde havde 15 linieskibe – de var stærkt underlegne i antal over for de fransk-spanske trusler, hvilket tvang dem til at trække sig tilbage fra Korsika og Elba i 1797. Den spanske flåde viste sig imidlertid at være ude af stand til at koordinere med sine franske republikanske allierede, og den blev hårdt besejret i slaget ved Cape St Vincent. Dette efterlod Spanien i en ufordelagtig position til søs i resten af krigen, selv om de afviste to britiske angreb på Cádiz og Tenerife og en senere britisk ekspedition til Ferrol.
1804-1808Rediger
Amiens-traktaten i 1802 gav mulighed for en midlertidig våbenhvile i fjendtlighederne, som først blev brudt i 1804, da britiske skibe overraskende og uden krigserklæring angreb en spansk eskadre af fregatter, der transporterede guld- og sølvbarrer til Cádiz. Den spanske fregat Nuestra Señora de las Mercedes sprang i luften, og de andre blev taget til fange af briterne.
Franskmændene planlagde en invasion af Storbritannien i det kommende år; den spanske flåde skulle være en integreret del af hjælpen til denne invasion. Ved slaget ved Trafalgar i 1805 blev en kombineret fransk-spansk flåde, der forsøgte at slutte sig til de franske flåder i nord med henblik på invasionen, angrebet af en britisk flåde og tabte i et afgørende opgør. Den britiske sejr gjorde en ende på den umiddelbare trussel om en invasion af Storbritannien fra Napoleons side. Den rystede også alvorligt den upopulære spanske regering under ledelse af Godoy, som begyndte at tvivle på nytten af sin usikre alliance med Napoleon. I mellemtiden mislykkedes et britisk felttog (1806-1807) for at erobre den strategisk vigtige Rio de la Plata-region i det spanske Sydamerika.
Godoy trak sig ud af det kontinentale system, som Napoleon havde udtænkt for at bekæmpe Storbritannien, for så at tilslutte sig det igen i 1807, efter at Napoleon havde besejret preusserne. Napoleon havde dog mistet sin tillid til Godoy og den spanske kong Karl IV. Der var også voksende støtte i Spanien til kongesønnen Ferdinand, som var modstander af den bredt foragtede Godoy. Ferdinand var imidlertid tilhænger af en alliance med Storbritannien, og Napoleon havde altid tvivlet på troværdigheden af ethvert bourbonsk kongehus.