Stifterne af D’Agostino Supermarkets, brødrene Pasquale og Nicholas D’Agostino Sr, emigrerede fra bjerglandsbyen Bugnara, Italien, og ankom hver for sig til New York City som teenagere i 1920’erne. På grund af deres fattigdom sprang de fra gymnasiet og fik i stedet videreuddannet sig ved at hjælpe købmænd, herunder deres fars forretning med frugt- og grøntsagsvogne.
I 1932 købte brødrene en lille butik på Manhattans Upper East Side, et velstående kvarter, hvis beboere selv under den store depression havde råd til kvalitetsfødevarer. I 1939 flyttede butikken til større lokaler i nærheden; brødrene gav den navnet Yorkville Food Shoppe og tilføjede en kødafdeling. Som en vigtig nyskabelse gav de folk mulighed for at købe kød, råvarer, mejeriprodukter og bagværk i en enkelt butik, og de var dermed med til at være banebrydende for og gøre ideen om “supermarkedet” populær. D’Agostino’s blomstrede i det økonomiske boom efter Anden Verdenskrig og åbnede endnu en stor butik i 1950 på 20th Street langs Stuyvesant Town – Peter Cooper Village.
Pasquale døde i 1960, og Nicholas købte i sidste ende hans andel af virksomheden for at fungere som administrerende direktør, bestyrelsesformand og præsident og for at løse problemet med familieefterfølgelsen. På dette tidspunkt var der otte D’Agostino-butikker på Manhattans East Side. Med sit ry for kvalitetskød havde D’Agostino’s i 1960’erne populære reklamer, der drillede: “Vær venlig ikke at kysse slagteren”. Nicholas D’Agostino overlod den daglige ledelse til sine sønner, Stephen og Nicholas Jr. i 1964. Nicholas Sr. fortsatte som formand, men Stephen blev formand og administrerende direktør i 1972, og Nicholas Jr. efterfulgte ham i 1982.
I løbet af 1970’erne udvidede D’Agostino’s til Manhattans West Side og promoverede kæden med robuste plastik “D’Ag Bags”, der var moderigtige nok til at give yderligere cachet. Butikkens syngende reklamefilm, der var skabt af Jo Foxworth, med sloganet “Please, Mr. D’Agostino, Move Closer to Me”, blev i denne periode rutinemæssigt sendt i radio og tv i denne periode. Da kæden var på sit højeste i 1990’erne, efter to generationer af støt ekspansion, havde den 26 forretninger i New York City og det tilstødende Westchester County med et årligt salg på over 200 millioner dollars.