Detekce proviru HIV-1, který se může integrovat do jádra hostitelské buňky a zůstat latentní po mnoho let, je problematická. Prahová hodnota hybridizace in situ, která činí přibližně 10 kopií na buňku, je příliš vysoká pro detekci jedné integrované kopie proviru. Ačkoli polymerázová řetězová reakce (PCR) může detekovat 1 provirus na 100 000 buněk, nemůže určit specifickou buněčnou lokalizaci viru. Tyto problémy lze vyřešit pomocí PCR in situ hybridizace. Přizpůsobení této metody detekci RNA (reverzní transkriptáza in situ PCR) umožňuje určit, zda je virová infekce latentní nebo produktivní, a také zjistit odpověď hostitele v podobě exprese cytokinové mRNA. Tyto metodiky prokázaly, že (1) před symptomatologií definující AIDS dochází k masivní infekci buněk CD4 virem HIV-1, (2) progrese AIDS se vyznačuje postupnou destrukcí buněk CD4, o čemž svědčí zvýšený poměr produktivně a latentně infikovaných buněk, (3) primárním cílem viru v děložním hrdle, plicích, centrálním nervovém systému a kosterním svalstvu je makrofág a jeho deriváty a (4) onemocnění související s AIDS, jako je demence AIDS, se vyznačují jak velkým počtem buněk infikovaných virem, tak zvýšenou regulací široké škály cytokinů, především v sousedních neinfikovaných buňkách. V této kapitole budou popsány metodiky detekce DNA a RNA viru HIV-1 v parafinových řezech tkání a také experimenty s kolabelingem potřebné k definování reakce hostitele na virovou invazi.