Modul în care a fost instaurată dominația franceză în Algeria în anii 1830-47 a pus bazele unui model de guvernare pe care Algeria franceză îl va menține până la independență. Acesta a fost caracterizat de o tradiție a violenței și a incomprehensiunii reciproce între guvernanți și cei guvernați; politicianul și istoricul francez Alexis de Tocqueville a scris că colonizarea a făcut societatea musulmană mai barbară decât era înainte de sosirea francezilor. A existat o absență relativă de mediatori autohtoni bine stabiliți între conducătorii francezi și populația de masă, iar o populație de coloniști francezi în continuă creștere (coloneii, cunoscuți și sub numele de pieds noirs) cerea privilegiile unei minorități conducătoare în numele democrației franceze. Atunci când Algeria a devenit în cele din urmă o parte a Franței din punct de vedere juridic, acest lucru nu a făcut decât să sporească puterea coloneilor, care au trimis delegați în parlamentul francez. Aceștia au reprezentat aproximativ o zecime din populația totală de la sfârșitul secolului al XIX-lea până la sfârșitul dominației franceze.
Dominația coloniștilor asupra Algeriei nu a fost asigurată, totuși, până la căderea lui Napoleon al III-lea în 1870 și ridicarea celei de-a Treia Republici în Franța. Până atunci, Algeria a rămas în mare parte sub administrație militară, iar guvernatorul general al Algeriei a fost aproape invariabil un ofițer militar până în anii 1880. Majoritatea algerienilor – cu excepția coloniilor – erau supuși guvernării de către ofițeri militari organizați în birouri arabe, ai căror membri erau ofițeri care cunoșteau îndeaproape afacerile locale și limba populației, dar care nu aveau niciun interes financiar direct în colonie. Prin urmare, ofițerii simpatizau adesea cu perspectivele oamenilor pe care îi administrau, mai degrabă decât cu cerințele coloniștilor europeni. Paradoxul Algeriei franceze a fost că guvernarea despotică și militară le-a oferit nativilor algerieni o situație mai bună decât cea oferită de un guvern civil și democratic.
Un program pe scară largă de confiscare a terenurilor cultivabile, după ce rezistența a fost zdrobită, a făcut posibilă colonizarea. Colonizarea de coloniști a fost de origine europeană mixtă – în principal spaniolă în Oran și în jurul acestuia și franceză, italiană și malteză în centru și în est. Prezența coloniștilor non-francezi a fost privită oficial cu îngrijorare pentru o bună perioadă de timp, dar influența educației franceze, a mediului musulman și a climatului algerian a creat în cele din urmă la cei care nu erau francezi un sentiment subnațional european-algerian. Acest lucru ar fi dus probabil, în timp, la o mișcare de creare a unui stat independent dacă Algeria ar fi fost situată mai departe de Paris și dacă coloniștii nu s-ar fi temut de forța potențială a majorității musulmane.
După răsturnarea regimului lui Ludovic-Filippe în 1848, coloniștii au reușit să obțină ca teritoriul să fie declarat francez; fostele provincii turcești au fost transformate în departamente după modelul francez, în timp ce colonizarea a progresat cu o energie reînnoită. Odată cu instaurarea celui de-al Doilea Imperiu francez în 1852, responsabilitatea pentru Algeria a fost transferată de la Alger către un ministru de la Paris, dar împăratul Napoleon al III-lea a revenit curând asupra acestei dispoziții. În timp ce își exprima speranța că un număr crescut de coloniști va păstra pentru totdeauna Algeria franceză, el a declarat, de asemenea, că prima datorie a Franței era față de cele trei milioane de arabi. El a declarat, cu o acuratețe considerabilă, că Algeria nu era „o provincie franceză, ci o țară arabă, o colonie europeană și o tabără franceză”. Această atitudine a stârnit anumite speranțe în rândul algerienilor, dar acestea au fost distruse de căderea împăratului în 1870. După înfrângerea Franței în Războiul franco-german, coloniștii au simțit că, în sfârșit, puteau obține mai multe terenuri. Încurajați de acest lucru și de anii de secetă și foamete, algerienii s-au unit în 1871 sub conducerea lui Muḥammad al-Muqrānī în ultima mare revoltă din Kabylia. Reprimarea brutală a acesteia de către forțele franceze a fost urmată de însușirea unui alt segment mare de teritoriu, care a oferit pământ pentru refugiații europeni din Alsacia. Multe terenuri au fost, de asemenea, achiziționate de francezi prin intermediul unor lacune în legile concepute inițial pentru a proteja proprietatea tribală. Printre acestea se remarcă senatus-consulte din 1863, care a desființat terenurile tribale și a permis coloniștilor să achiziționeze zone vaste care anterior erau asigurate de legea tribală. În urma pierderii acestui teritoriu, țăranii algerieni s-au mutat pe terenuri marginale și în vecinătatea pădurilor; prezența lor în aceste zone a pus în mișcare degradarea generalizată a mediului care a afectat Algeria de atunci.
Este dificil de evaluat în termeni umani pierderile suferite de algerieni în primii ani ai ocupației franceze. Estimările privind numărul celor care au murit din cauza bolilor, a foametei și ca urmare directă a războaielor din primii ani de colonizare variază considerabil, dar cele mai fiabile indică faptul că populația nativă a Algeriei a scăzut cu aproape o treime în anii dintre invazia franceză și sfârșitul luptelor la mijlocul anilor 1870.
Încet-încet, populația europeană a stabilit o dominație politică, economică și socială aproape totală asupra țării și a locuitorilor săi nativi. În același timp, noi linii de comunicații, spitale și servicii medicale, precum și facilități educaționale au devenit mai accesibile europenilor, deși au fost distribuite într-o măsură limitată – și în limba franceză – algerienilor. Coloniștii dețineau majoritatea locuințelor occidentale, ferme în stil occidental, întreprinderi și ateliere. Doar educația primară era disponibilă pentru algerieni, și numai în orașe, iar perspectivele pentru învățământul superior erau limitate. Deoarece ocuparea forței de muncă era concentrată în principal în așezările urbane, subocuparea forței de muncă și șomajul cronic i-au afectat în mod disproporționat pe musulmani, care trăiau mai ales în zonele rurale și semirurale.
Pentru algerieni, serviciul în armata franceză și în fabricile franceze în timpul Primului Război Mondial a fost o experiență revelatoare. Aproximativ 200.000 au luptat pentru Franța în timpul războiului, iar mai mult de o treime dintre algerienii de sex masculin cu vârste cuprinse între 20 și 40 de ani au locuit în Franța în acea perioadă. Când a revenit pacea, aproximativ 70.000 de algerieni au rămas în Franța și, trăind frugal, au reușit să întrețină multe mii de rude ale lor din Algeria.
.