FFPE vs Tecido Congelado será explorado neste artigo. A pesquisa médica sobre câncer e outras doenças requer acesso a ferramentas e materiais únicos – incluindo espécimes para estudo. Por exemplo, se você estiver examinando a forma e estrutura celular (morfologia), estados da doença, comunicação intra e intercelular ou tópicos relacionados, é incrivelmente útil ter acesso a seções confiáveis de tecido biopsiado. Como a maioria dos materiais biológicos são frágeis e perecíveis, é preciso ter cuidado para ter certeza de que eles estão preparados e preservados adequadamente. Existem dois métodos principais de preparação de tecidos usados hoje em dia. Durante décadas, os tecidos foram saturados com formalina (também conhecida como formaldeído) e depois embebidos num bloco de cera de parafina (referido como tecido com parafina fixada em formalina ou FFPE). Com o advento de congeladores confiáveis de temperatura ultra baixa e abundante fornecimento de nitrogênio líquido, tornou-se viável congelar o tecido como um segundo meio de armazenamento a longo prazo. Cada um destes dois métodos vem com vantagens e desvantagens. Segue-se uma comparação dos pontos fortes e fracos destes dois métodos de conservação.
FPE Tecidos
Tecidos com parafina fixa são as fontes mais comuns de material arquivado. Os patologistas hospitalares têm criado e arquivado tecidos de FFPE há décadas. Sempre que estudam uma biópsia tirada de um paciente, arquivam algum desse material para uso posterior – às vezes, referindo-se a ele, ou obtendo segundas opiniões, durante o curso do tratamento de um paciente. Os pesquisadores também preservaram tecidos doados por humanos, ou materiais coletados de animais, para criar arquivos de materiais para estudo posterior. Esses arquivos são chamados “biobancos” e podem ser desenvolvidos por universidades e hospitais, ou criados para fins comerciais por empresas que servem à comunidade de pesquisa. Estas actividades resultaram na disponibilidade de vastas colecções de material para estudo posterior. Uma vez que estes arquivos foram criados há muito tempo, eles podem oferecer uma perspectiva histórica, além de serem simplesmente uma fonte abundante de material de pesquisa. Como o tecido FFPE pode ser armazenado em um armário à temperatura ambiente, é barato criar uma grande coleção que será estável por muito tempo. A formalina e a cera preservam estruturas frágeis no interior e entre as células do tecido – o que torna o tecido FFPE ótimo para as pessoas que observam a morfologia das células e dos tecidos – como os patologistas que estudam biópsias preservadas para diagnosticar o câncer. As proteínas do tecido FFPE também são preservadas, não apenas as estruturas visíveis sob um microscópio. Histologistas podem usar anticorpos fluorescentes (ou anticorpos marcados por outros meios) que se ligam especificamente a certas proteínas para ver se elas estão presentes em certas células dentro dos tecidos, e se os locais e quantidades destas proteínas são diferentes em tecidos doentes versus saudáveis. Este método é referido como imuno-histoquímica (IHC). Finalmente, como o FFPE é um método antigo e bem estabelecido de armazenamento de tecidos, os patologistas estão habituados a examinar e fazer diagnósticos a partir de biópsias de tecidos FFPE. Se você quiser saber mais leia nosso post no blog, o que é tecido FFPE e quais são seus usos.
Desvantagens do Tecido FFPE
Formalina é volátil, tóxico e tem um cheiro horrível. A maior parte dos procedimentos de fixação e de inclusão de parafina são também trabalhosos e demorados. Além disso, enquanto as proteínas são preservadas, elas também são desnaturadas. Elas não são mais biologicamente ativas. Além disso, podem não se ligar aos mesmos anticorpos que as versões não desnaturadas (ou nativas) das mesmas proteínas. Isto pode limitar um pouco o seu valor para certos tipos de estudos de IHC, e torná-los inúteis para análises bioquímicas. Outro assunto é que os ácidos nucleicos (DNA e RNA) no tecido FFPE não é preservado muito bem. Enquanto ácidos nucléicos podem ser isolados deste tipo de tecido preservado, ele pode ser de uso limitado. Portanto, o tecido FFPE pode não ser sempre adequado para análise genética molecular. Finalmente, a maioria dos protocolos de FFPE não são padronizados. Isto significa que não há garantia de que as amostras coletadas em diferentes momentos ou locais tenham sido preparadas de forma semelhante. Os métodos de preparação não padronizados podem afetar desproporcionalmente os resultados obtidos com eles – especialmente no caso da análise genética molecular. Algumas análises moleculares podem ser feitas, mas muito se perde quando o tecido é preservado usando o método FFPE.
Frozen Tissues
Frozen tissues, por outro lado, funcionam muito bem para análise genética molecular – especialmente se os materiais da biópsia são mergulhados em nitrogênio líquido em um método chamado “flash freezing”, e então armazenados em um freezer ultra frio a menos de -80 graus Celsius. Assim, se você tiver um freezer “-80” e nitrogênio líquido, os tecidos frescos congelados são fáceis de preparar. As amostras de matriz de tecidos congelados também são muito úteis para a análise IHC, uma vez que as proteínas são preservadas em um estado nativo. Estas proteínas “nativas” não desnaturadas também podem ser isoladas numa forma ainda activa, para análise bioquímica. No entanto, o tecido degrada-se rapidamente à temperatura ambiente e não se armazena bem quando guardado num alimento mais padrão “-20” ou num congelador doméstico. É necessário congelá-lo o mais rápido possível, e depois mantê-lo muito frio. Para biopsia, isto pode ser difícil, pois os cirurgiões podem não ter nitrogênio líquido à mão para congelar o material do tumor excitado. Um congelador dedicado de temperatura ultra baixa também é necessário para você manter o tecido congelado o tempo todo. Os arquivos de tecidos congelados são sempre vulneráveis a quedas de energia ou falhas mecânicas. Técnicos descuidados também podem deixar amostras preciosas nas bancadas do laboratório, ou esquecer de fechar a porta do congelador. Finalmente, como um método mais recente, os biobancos geralmente têm coleções menores de tecidos congelados.
Sumário de tecidos congelados FFPE VS
Em resumo, os tecidos FFPE são bem adequados para a criação de grandes arquivos de tecidos para pesquisa. Uma vez preparado, o tecido FFPE é muito resistente. Não precisa de equipamentos especiais para mantê-lo estável por décadas. Os patologistas fazem diagnósticos a partir do tecido FFPE há décadas e estão muito familiarizados com ele. O tecido FFPE também pode ser usado para alguns estudos de IHC. O tecido FFPE pode não ser adequado para análise de proteínas nativas, e geralmente é inferior para os tipos de análise genética, tais como PCR, qPCR, ou sequenciamento de DNA da próxima geração, que estão se tornando comuns. O tecido congelado, por outro lado, preserva o DNA, o RNA e as proteínas nativas. Entretanto, os arquivos de tecidos congelados podem ser rapidamente perdidos devido a quedas de energia, falha mecânica ou descuido no laboratório. Os tecidos congelados também são menos familiares aos patologistas, que geralmente se sentem mais confortáveis para fazer diagnósticos após análise microscópica do tecido FFPE.