Der Nachweis des HIV-1-Provirus, das sich in den Zellkern einer Wirtszelle integrieren und jahrelang latent bleiben kann, ist problematisch. Der Schwellenwert der In-situ-Hybridisierung, der bei etwa 10 Kopien pro Zelle liegt, ist zu hoch, um eine integrierte Kopie des Provirus nachzuweisen. Mit der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) kann zwar 1 Provirus pro 100.000 Zellen nachgewiesen werden, aber die spezifische zelluläre Lokalisierung des Virus kann nicht bestimmt werden. Diese Probleme können mit der PCR-in-situ-Hybridisierung gelöst werden. Die Anpassung dieser Methode an den RNA-Nachweis (reverse Transkriptase in situ PCR) ermöglicht es, festzustellen, ob die Virusinfektion latent oder produktiv ist, und die Wirtsantwort in Form der mRNA-Expression von Zytokinen nachzuweisen. Diese Methoden haben gezeigt, dass (1) es eine massive Infektion von CD4-Zellen durch HIV-1 gibt, bevor die AIDS-definierende Symptomatik auftritt, (2) das Fortschreiten von AIDS durch die fortschreitende Zerstörung von CD4-Zellen gekennzeichnet ist, was durch ein erhöhtes Verhältnis von produktiv zu latent infizierten Zellen belegt wird, (3) das primäre Ziel des Virus im Gebärmutterhals, in der Lunge, im Zentralnervensystem und in der Skelettmuskulatur sind die Makrophagen und ihre Derivate, und (4) AIDS-bedingte Krankheiten wie die AIDS-Demenz sind sowohl durch viele virusinfizierte Zellen als auch durch die Hochregulierung einer Vielzahl von Zytokinen gekennzeichnet, vor allem in den benachbarten nicht infizierten Zellen. In diesem Kapitel werden die Methoden zum Nachweis von HIV-1-DNA und -RNA in in Paraffin eingebetteten Gewebeschnitten sowie die Kolabelierungsexperimente beschrieben, die erforderlich sind, um die Reaktion des Wirts auf die virale Invasion zu definieren.