La détection du provirus du VIH-1 qui peut s’intégrer dans le noyau d’une cellule hôte et rester latent pendant des années est problématique. Le seuil de l’hybridation in situ, qui est d’environ 10 copies par cellule, est trop élevé pour détecter une seule copie intégrée du provirus. Bien que la réaction en chaîne par polymérase (PCR) puisse détecter un provirus pour 100 000 cellules, elle ne peut pas déterminer la localisation cellulaire spécifique du virus. Ces problèmes peuvent être résolus par l’hybridation in situ de la PCR. L’adaptation de cette méthode à la détection de l’ARN (PCR in situ à transcriptase inverse) permet de déterminer si l’infection virale est latente ou productive, ainsi que de détecter la réponse de l’hôte sous la forme de l’expression de l’ARNm des cytokines. Ces méthodologies ont démontré que (1) il y a une infection massive des cellules CD4 par le VIH-1 avant la symptomatologie définissant le SIDA, (2) la progression du SIDA est marquée par la destruction progressive des cellules CD4, comme en témoigne l’augmentation du rapport entre cellules infectées de manière productive et latente, (3) la cible principale du virus dans le col de l’utérus, les poumons, le système nerveux central et les muscles squelettiques est le macrophage et ses dérivés, et (4) les maladies liées au SIDA, comme la démence du SIDA, sont marquées à la fois par un grand nombre de cellules infectées par le virus et par la régulation positive d’une grande variété de cytokines, principalement dans les cellules voisines non infectées. Ce chapitre décrira les méthodologies de détection de l’ADN et de l’ARN du VIH-1 dans les coupes de tissus inclus en paraffine, ainsi que les expériences de colabellisation nécessaires pour définir la réponse de l’hôte à l’invasion virale.