Yksi tärkeimmistä virologian menetelmistä on virustitterin eli virusten pitoisuuden mittaaminen näytteessä. Laajasti käytetty menetelmä infektiivisen viruksen määrän määrittämiseksi on plakkitesti. Tämä tekniikka kehitettiin alun perin bakteriofagikantojen titterien laskemiseen. Renato Dulbecco muokkasi tätä menetelmää vuonna 1952 käytettäväksi eläinvirologiassa, ja sitä on sittemmin käytetty monien eri virusten titterien luotettavaan määrittämiseen.

Plakettimäärityksen suorittamiseksi valmistetaan kymmenkertaisia laimennoksia viruskannasta, ja 0,1 ml:n aliquotit inokuloidaan alttiisiin solumonolayereihin. Inkubaatioajan jälkeen, jotta virus voi kiinnittyä soluihin, monolayerit peitetään ravintoalustalla, joka sisältää ainetta, yleensä agaria, joka aiheuttaa geelin muodostumisen. Kun levyjä inkuboidaan, alkuperäiset tartunnan saaneet solut vapauttavat viruksen jälkeläisiä. Geeli rajoittaa uusien virusten leviämistä naapurisoluihin. Näin ollen kukin tartuntavaarallinen hiukkanen synnyttää infektoituneiden solujen ympyränmuotoisen vyöhykkeen, jota kutsutaan plakiksi. Lopulta plakista tulee niin suuri, että se näkyy paljaalla silmällä. Eläviä soluja värjääviä väriaineita käytetään usein elävien solujen ja plakkien välisen kontrastin vahvistamiseksi. Ainoastaan sellaiset virukset, jotka aiheuttavat näkyviä vaurioita soluihin, voidaan määrittää tällä tavoin. Vasemmalla on esimerkki polioviruksen muodostamista plakeista HeLa-solujen monokerroksessa. Tässä kuvassa solut on värjätty kristalliviolettivärillä, ja plakit ovat helposti nähtävissä siellä, missä virusinfektio on tuhonnut soluja.

Viruskannan titraus voidaan laskea plakkeja muodostavina yksikköinä (PFU) millilitrassa. Virustitterin määrittämiseksi plakit lasketaan. Virheen minimoimiseksi lasketaan vain levyt, jotka sisältävät 10-100 plakkia, riippuen käytetyn soluviljelylevyn koosta. Tilastolliset periaatteet sanelevat, että kun lasketaan 100 plakkia, näytteen titteri vaihtelee plus tai miinus 10 prosenttia. Jokainen laimennus tehdään kahtena kappaleena tarkkuuden parantamiseksi. Alla olevassa esimerkissä 10-6-laimennoksesta tehdyllä levyllä on 17 plakkia. Viruskannan titteri on siis 1,7 x 108 PFU/ml.

Seuraavaksi tarkastelemme, miten plakkimääritystä voidaan käyttää klonaalisten viruskantojen valmistamiseen, mikä on välttämätöntä viruksen genetiikan tutkimisessa.

Dulbecco, R., & Vogt, M. (1953). Eräitä eläinvirologian ongelmia plakkitekniikalla tutkittuna. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 18, 273-279

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.