Puerton yliopisto on Puerto Ricon tärkein julkinen yliopistojärjestelmä. Se perustettiin vuonna 1900 Puerto Ricon ensimmäiseksi korkeakoulukeskukseksi. Aluksi siinä oli 20 opiskelijaa ja viisi professoria. Sen jälkeen siitä tuli Puerto Ricon yliopisto vuonna 1903.
Se on pääosin espanjankielinen oppilaitos, joka koostuu 11 kampuksesta ja jossa on noin 58 000 opiskelijaa ja 5300 henkilökuntaan kuuluvaa.
San Juanissa sijaitsee yksi lääketieteen kampus. Muut kampukset sijaitsevat Aguadillassa, Arecibossa, Bayamonissa, Carolinassa, Cayeyssä, Humacaossa, Mayaguezissa, Poncessa, San Juanissa ja Utuadossa.
Yliopisto on erityisen tunnettu insinööriohjelmistaan. Sieltä valmistuu vuosittain yli 600 insinööritutkinnon suorittanutta, ja yliopiston työpaikkamessuilla on ennätysmäärä yrityksiä ja liittovaltion virastoja, jotka rekrytoivat insinöörejä. Listalla olivat muun muassa Motorola, Raytheon Systems, IBM, Yhdysvaltain energiaministeriö ja Yhdysvaltain geologinen tutkimuslaitos.
Yliopisto tarjoaa myös saaren laajimman valikoiman akateemisia ohjelmia ja suurimman määrän postdoc-ohjelmia. Akateemisia ohjelmia on yhteensä 472 ja tohtoriohjelmia 32.
Se tekee myös yli 80 prosenttia kaikesta saaren korkeakoulun jälkeisestä tutkimuksesta. Laitoksen tutkimustoiminta on kasvanut nopeasti vuodesta 1985 lähtien kaksinkertaistuen joka viides vuosi.
Se on Puerto Ricon valikoivin laitos.
Yliopistolla on oma radioasema nimeltä WRTU Radio Universidad de Puerto Rico, joka perustettiin vuonna 1980. Se on julkinen radioasema, joka soittaa monipuolisia musiikkiohjelmia ja uutisia.