Klikkaa yllä olevia kuvakkeita ladataksesi uusimman ApE:n (v2.0.61, 5.2.2020)
Katso alla olevat ohjeet avoimen lähdekoodin ohjelmien asentamisesta Macille. Jos asennat OSX El Capitain (OSX 10.11) tai vanhempiin järjestelmiin. Lähetä minulle sähköpostia ohjeiden saamiseksi (Ilmoita käyttöjärjestelmäversiosi – jätän huomiotta sähköpostit ilman tätä tietoa.)
Klikkaa tästä tehdäksesi vapaaehtoisen lahjoituksen ApE:n tukemiseksi.
Tseuraa @ApEplasmid
Lyhyt video ApE:n asentamisesta Mac:lle:
Selaimesi ei tue tunnisteen <videon> käyttöä.
Toimii Windowsissa (XP, Vista, 7, 8 ja 10) ja Macissa (OS X v10.5 ja uudempi) Korostaa restriktiokohdat muokkausikkunassa Kuvastaa tarkasti entsyymikohtien Dam/Dcm-estoa Korostaa tekstiä käyttämällä ennalta määritettyjä ja mukautettuja ominaisuuskirjastoja Näyttää valitun DNA:n translaation, Tm:n, %GC:n, ORF:n reaaliajassa Lukee DNA Strider, Fasta, Genbank- ja EMBL-tiedostot Tallentaa tiedostot DNA Strider -yhteensopivassa tai Genbank-tiedostomuodossa Korostaa ja piirtää graafisia karttoja käyttäen genbank- ja embl-tiedostojen ominaisuusmerkintöjä BLASTaa suoraan valitun sekvenssin NCBI:ssä tai wormbaseissa
Tekstikartta näyttää DNA:n sekvenssin, translaation, ja ominaisuudet tekstipohjaisena grafiikkana
Luo graafisia rajoituskarttoja- lineaarinen tai ympyränmuotoinen, jossa piirteet on merkitty Yhdistää graafiset ja tekstiominaisuudet hyperlinkillä kaksoisnapsauttamalla Tallentaa grafiikan kapseloituna postscript- tai skaalautuvana vektorigrafiikkana Kopioi ja tallentaa grafiikan Windows-metatiedostoiksi (vain MS Windows)
Virtuaalinen rajoitusdigesti Piirtää pre-määritellyt ja käyttäjän määrittelemät DNA-portaat Yhdistää kaistat tekstiin kaksoisnapsauttamalla
Lukee ABI:n sekvensointijäljitystiedostoja ABI:n jäljityksissä olevat sekvenssit voidaan sovittaa suoraan referenssisekvenssiin, ja kohdistus on hyperlinkitetty takaisin jäljitykseen.
Valitsee kohteet, jotka vastaavat useita kriteerejä (union/intersection- leikkaustiheys, kohdetyyppi) kaikissa avoimissa ikkunoissa Valitsee kohteet, jotka leikkautuvat useammin yhdestä sekvenssistä kuin toisesta sekvenssistä (snip-SNP-tunnistusta tai diagnostisia digestointeja varten) Käyttäjän määrittelemät entsyymiryhmittelyt, joiden avulla voidaan erottaa esim. tällä hetkellä varastossa olevat entsyymit. Mahdollistaa käyttäjien määritellä uusia entsyymejä nimen ja tunnistuskohdan perusteella Tuo DNA Strider -formaattitiedostoja (yksinkertaiset entsyymi- ja kohdeluettelot), jotka ovat saatavilla REBASE:sta
Muut ominaisuudet:
Useimmat analyysi-ikkunat on linkitetty hyperlinkillä vastaaviin sekvensseihinsa, mm: Graafiset kartat Tekstikartat Virtuaalidigestit Alignmentit (mukaan lukien ABI-sekvenssit) Silent Sites Käännös Primer Find Käyttää mukautettuja ominaisuusmäärittelykirjastoja, jotka mahdollistavat: Nopea sekvenssin merkitseminen Nopea haku ja korostaminen kaikista käytettävissä olevista alukkeista, joita sinulla (tai muilla) on ja jotka hybridisoituvat sekvenssin kanssa Sekvenssi voidaan merkitä ja visualisoida useilla eri tavoilla nopeasti ja tehokkaasti Graafiset kartat, jotka näyttävät alukkeen sitoutumiskohdat ja kaikki mielenkiintoiset sekvenssipiirteet Kääntää sekvenssejä valinnaisella DNA-kohdistuksella Etsii potentiaalisia alukkeita, jotka täyttävät käyttäjän kriteerit (pituus, Tm, %GC, oma/muu komplementaarisuus) Kohdistaa kaksi DNA-sekvenssiä (tai minkä tahansa sekvenssin ja ABI-jäljen yhdistelmän), ja kohdistus on hyperlinkitetty alkuperäiseen sekvenssiin Etsii translaatiohiljaisia restriktiokohtia Piirtää graafisia ORF-karttoja
Klikkaamalla tästä voit tehdä vapaaehtoisen lahjoituksen ApE:n tueksi.
Hae vanhemmat versiot
Voit nyt viedä genomialueita suoraan Wormbasesta: Valitse oikean yläkulman pudotusvalikkopainikkeesta ”Download Track Data”. Napsauta ”Configure…” -painiketta. Tyhjennä valitut piirteet käyttämällä versiota 3 Across tällä hetkellä näkyvä alue. Valitse ”Save to File” (Tallenna tiedostoon). Tarkista ”Embed DNA sequence” (Upota DNA-sekvenssi). Poista rasti kohdasta ”Include track configuration data”. Napsauta ”Go”. Avaa tuloksena syntynyt .gff-tiedosto uusimmassa ApE:ssä.
Vaihtoehtoisesti voit viedä genomialueen (genomikatselusta) FASTA-muotoisena tiedostona (vasemmassa yläkulmassa olevan valikon avulla). Voit lisätä feature trackit lataamalla GFF3 feature track -tiedostot saman valikon avulla. Avaa ApE:ssä FASTA-tiedosto ja avaa sitten Features-valikosta GFF3-raidatiedot.
Toinen tapa on ottaa geenimalli (geenisivulta), liittää se ApE:n ikkunaan ja valita kaikki, tehdä uusi feature (Feature-valikko) ja painaa avautuvassa edit feature-ikkunassa painiketta ”upper case only”. Jos luulet, että ApE ei löydä kaikkia ClaI-kohtia (tai XbaI- tai BclI-kohtia), joita TIETÄÄN olevan sekvenssissäsi, kytke Dam/Dcm-metylointi pois päältä sekvenssissäsi ja yritä uudelleen. Katso täältä lisätietoja. Klikkaa tästä ja tee vapaaehtoinen lahjoitus ApE:n tukemiseksi.
tehdäksesi vapaaehtoisen lahjoituksen ApE:n tukemiseksi.
